تجزيه و تحليل توالي ناحيه اينترون 5 ژن PIT-1 در مرغان گوشتي لاين آرين

Analysis region of intron 5 sequence of PIT-1 gene in broiler chickens Arian line

توالي يابي و تجزيه و تحليل اطلاعات بدست آمده يكي از بهترين و رايج ترين روش ها در مطالعات تنوع ژنتيكي مي باشد. ژن PIT-1 به نام فاكتور 1 ژن هورمون رشد معروف است. اين ژن عضوي از خانواده فاكتورهاي نسخه برداري است و در طيور روي كروموزوم 1 با طول تقريباً kb14 قرار دارد و داراي 7 اگزون و 5 اينترون مي باشد. هدف از انجام اين پژوهش تجزيه و تحليل توالي ناحيه اينترون 5 ژن PIT-1 در مرغان گوشتي لاين آرين و ترسيم درخت فيلوژني آن با ساير نژادهاي مرغ بود. براي انجام اين پژوهش از 7 قطعه مرغ از هر دو جنس مرغان گوشتي لاين آرين نمونه خون جمع آوري شد . پس از استخراج DNA، ژن مورد نظر توسط آغازگرهاي اختصاصي تكثير و قطعات تكثير شده پس از خالص سازي به صورت رفت و برگشت توالي يابي شدند. تعداد 5 هاپلوتيپ مختلف بر اساس 6 نوكليوتيد چند شكل موجود در توالي ها تعيين گرديد و توالي هاي نهايي بدست آمده از هر هاپلوتيپ با طول تقريبي260 جفت باز كه شامل 92/21 درصد آدنين، 08/18 درصد گوانين، 69/32 درصد سيتوزين،31/27 درصد تيمين بود. پس از اطمينان از صحت توالي يابي در پايگاه اطلاعاتي بانك ژن با شماره هاي دسترسيJQ946630- JQ946636 ثبت شدند. پس از اخذ توالي هاي مشابه ژن PIT-1ديگر نژادهاي موجود در بانك جهاني ژن درخت فيلوژني با استفاده از آنها ترسيم شد. نتايج فيلوژني مشخص كرد كه مرغ آرين ايران با مرغان آمريكايي در يك گروه قرار دارند.

Sequencing and analysis of the data obtained are best and most common methods in studies of genetic diversity. PIT-1gene is known as growth hormone IGF-1 gene .this gene is a member of family of transcription factors in the poultry is located on chromosome 1, with a length of approximately 14 kb. This gene has seven exons and five introns in poultry. The purpose of this study was analysis region of intron 5 sequence of PIT-1 gene in broiler chickens Arian lines and determining its phylogenetic relationship with other chicken breeds. For this study, blood samples were collected of seven broiler chickens of both sex Arian lines. After extracting DNA from them, target gene was amplified with specific primers and after purification was sequenced. Five different haplotypes were determined based on six single nucleotide polymorphism sequence and the final sequences of each haplotype with length approximate 260 bp which includes 21/92 % adenine, 18/8 % guanine, 32/69 % cytosine and 27/31 % thymine. After ensuring the accuracy of sequencing, submitted to gene bank database (NCBI) with accession number of JQ946630- JQ946636.The phylogenic tree was drawn with consensus sequence of PIT-1 gene of Arian line chicken and other similar sequences of different chicken breeds obtained from gene bank. Results the phylogeny indicated that Arian line chicken and American Chickens are on a lineages