مطالعه بيان ژن‌هاي پمپ MexAB-OprM در ايزوله‌هاي باليني سودوموناس ايروجينوزا با روش RT-PCR

STUDY THE EXPRESSION OF MEXAB-OPRM PUMP GENES IN CLINICAL ISOLATES OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA USING RT-PCR METHOD

پيش زمينه و هدف: سودوموناس ايروجينوزا يك باكتري فرصت طلب است كه به صورت ذاتي به مواد ضد ميكروبي مختلف مقاوم مي‌باشد. يكي از علل مقاومت بيان پمپ‌هاي تخليه مقاومت به چند دارو نظير MexAB-OprM مي‌باشد. آناليز بيان ژن‌هاي كد كننده اجزاي پمپ MexAB-OprM نظير mexA با روش RT-PCR مخصوصاً با يك كيت تجارتي مي‌تواند كمك زبادي در انتخاب درمان مناسب آنتي‌بيوتيكي بنمايد. بنابراين هدف اين تحقيق مطالعه بيان ژن‌هاي كد كننده اجزاي پمپ MexAB-OprM نظير mexA و oprM با روش RT-PCR در ايزوله‌هاي باليني بود. روش بررسي: پس از استخراج RNA از 17 ايزوله باليني و ساختن cDNA بيان كمي نسبي ژن‌هاي mexA و oprM با روش RT-PCR به ترتيب با استفاده از كيت تجارتي و بدون آن تعيين شد. يافته‌ها: افزايش بيان هر دو ژن mexA و oprM كه به ترتيب با استفاده از كيت و بدون آن تعيين شده بود در هشت ايزوله باليني مشاهده شد. اين افزايش بيان مطابق با افزايش MIC 4-2 برابري براي كربني سيلين بود. نتيجه گيري: همگرايي ميان نتايج حاصل از استفاده و عدم استفاده از كيت يافت شد. بعلاوه همگرايي فقط بين MIC كربني سيلين از ميان آنتي‌بيوتيك‌هاي استفاده شده در روش فنوتيپي و بيان پمپ MexAB-OprM در تمام ايزوله‌هاي باليني يافت شد. بنابراين استفاده از روش فنوتيپي و آناليز بيان ژن با روش RT-PCR با استفاده از كيت به علت سهولت كار با آن به صورت همزمان توصيه مي‌گردد.

Background & Aims: Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic bacterium that is intrinsically resistant to different antimicrobial substances. One reason for this resistance is the expression of multiple drug efflux pumps, such as MexAB-OprM. Analysis of expression of the MexAB–OprM pump such as mexA with RT-PCR especially with commercial kit can largely aid in selection of suitable antibiotic treatment. Thus, the aim of this investigation was to study the expression of mexA and oprM genes using RT-PCR in clinical isolates. Materials & Methods: Following the extraction of RNA from 17 clinical isolates and synthesis of cDNA, the relative quantification of mexA and oprM genes were determined by RT- PCR with and without commercial kit, respectively. Results: Over-expression of both mexA and oprM genes were seen in eight clinical isolates. This over-expression corresponded to 2-4 fold increase in MIC for carbenicillin.. Conclusion: The convergence between results obtained from using and not using the kit. Moreover, the convergence between only MIC for carbenicillin among several antibiotics used in phenotypic method and the expression of MexAB-OprM pump was found in all clinical isolates. Therefore, the application of phenotypic method and analysis of gene expression using RT- PCR with commercial kit, due to its ease of working, simultaneously is recommended.