بررسي مولكولي شش جدايه ويروس زردي چغندر قند (Beet yellows virus) از استان‌هاي آذربايجان غربي، كرمانشاه و همدان بر اساس ناحيه پروتئين پوششي

Molecular Analysis of Six Beet yellows virus (BYV) Isolates from West Azarbayjan, Kermanshah and Hamedan Provinces of Iran Based on ORF CP

ویروس زردی چغندرقند (Beet yellows virus, BYV) متعلق به جنس Closterovirus و خانواده Closteroviridae از مهم‌ترین ویروس‌های چغندرقند به شمار می‌آید كه در سراسر دنیا گسترده است. به منظور تعیین برخی از خصوصیات مولكولی این ویروس، در سال 1391 تعداد 75 نمونه برگی دارای علائم از مزراع عمده این محصول در استان‌های آذربایجان غربی، كرمانشاه و همدان جمع‌آوری شد. نمونه‌ها دارای علائمی نظیر زردی، رگبرگ روشنی و ضخیم و شكننده شدن برگ، بودند. نمونه‌های جمع آوری شده توسط آزمون سرولوژیكی الایزا و آزمون مولكولی RT-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. در آزمون الایزا با استفاده از آنتی‌بادی اختصاصی آلودگی در 6 نمونه تایید شد. قطعه‌ای مربوط به پوشش پروتینی به طول bp615 در آزمون مولكولی با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده BYV-F/R، تكثیر و در ژل آگارز 1 درصد الكتروفورز گردید. نتایج تعیین توالی و مقایسه توالی‌های بدست آمده با جدایه‌های موجود در NCBI به وسیله نرم افزار DNAMAN7 نشان داد كه جدایه‌های تعیین توالی شده دارای 99-89 درصد شباهت با جدایه‌های موجود در بانك ژن هستند. بیش‌ترین درصد شباهت جدایه‌های ایرانی در سطح نوكلئوتیدی (19/99 درصد) و آمینو اسیدی (55/97 درصد)، با جدایه ای از اوكراین (X73476) می‌باشد. آنالیز فیلوژنتیكی جدایه‌ها به وسیله نرم افزار MEGA5 انجام شد كه طی آن جدایه‌های ایرانی در كنار جدایه اوكراین در یك گروه قرار گرفتند.

Beet yellows virus (BYV) belongs to the genus Closterovirus, Closteroviridae family, is one the most important viruses of sugar beet worldwide. In order to identify and characterize some molecular aspects of the BYV, a total of 75 symptomatic leaf samples of sugar beet were collected from sugar beet field of West Azarbayjan, Hamedan and Kermanshah provinces, Iran. Leaves showing general yellowing, vein clearing and thickness were collected. The primary detection of BYV performed by DAS-ELISA, using specific antibodies raised against coat protein of the virus, resulted in positive reaction of six out of 75 samples. The coat protein ORF of BYV isolates was amplified by RT-PCR, using BYV-F/BYV-R primer pair. Amplified fragments in expected size of 615 bp were directly sequenced. All sequence data were multiple aligned with other BYV isolates (from NCBI) using DNAMAN 7 software. An Ukrainian isolate (X73476) showed the highest nucleotide (99.19%) and amino acid (97.55%) identity with our isolates in this study. Phylogenetic analyses were conducted by MEGA 5.2. The results of phylogenetic analysis showed that BYV Iranian isolates and BYV Ukrainian isolate are clustered together.