شناسايي عوامل نوكارديوزيس در نمونه هاي شستشوي برونش(BAL) بيماران مشكوك به سل مراجعه كننده به بيمارستان هاي تهران به روش PCR

The identification of Nocardiosis agents in BAL samples of Patients with suspected tuberculosis admitted to hospitals in Tehran by PCR method

مقدمه: تشخيص گونه هاي نوكاردياي عامل نوكارديوزيس در آزمايشگاه هاي روتين پزشكي بر پايه روش هاي فنوتيپي است كه بسيار مشكل و اغلب طولاني و زمان بر است. هدف از اين مطالعه شناسايي عوامل نوكارديوزيس در نمونه هاي BAL بيماران مشكوك به سل مراجعه كننده به بيمارستان هاي تهران به روش PCR است. بحث و نتيجه گيري: در مطالعه حاضر استخراج DNA گونه هاي نوكارديا در نمونه شستشوي برونش به روش دستي و در حداقل زمان انجام گرفت كه سابقه قبلي در ايران نداشت. همچنين بررسي در افراد مشكوك به سل صورت گرفت كه به صورت محدود كار شده است، گونه N. cyriacigeorgica گونه غالب عامل نوكارديوزيس بود كه طي سال هاي اخير معرفي شده است و بايد در آزمايشگاه ها، مراكز درماني و تحقيقاتي مد نظر قرار گيرد. يافته ها: به روش مولكولي Duplex PCR ، نوكارديوزيس در 7 نمونه (03/6%) تشخيص داده شد. پس از تعيين توالي محصولات PCR، مشخص شد كه گونه هاي جداسازي شده متعلق به گونه هاي N. cyriacigeorgica (6 مورد) و N.otitidiscaviarum (1 مورد) مي باشد. مواد و روش ها: در طي 8 ماه تعداد 116 نمونه شستشوي برونش (BAL) از بيماران بستري در بيمارستان هاي بقيه ا...(عج)، شريعتي و امام خميني تهران جمع آوري گرديد. استخراج DNA به روش فنل كلروفرم صورت گرفت. جهت انجام Duplex PCR از دو جفت پرايمر NG1 و NG2 اختصاصي جنس نوكارديا و پرايمرهاي BetF و BetR به عنوان ژن استفاده شد. به منظور شناسايي گونه عامل بيماري، محصولات PCR از روي ژل تخليص و تعيين توالي گرديد.

Background : Identification of Nocardia spp. in routine medical laboratories is based on phenotypic methods that is often time- consuming. The objective of this study was to diagnose Nocardia agents by PCR technique in BAL samples of patients with suspected tuberculosis admitted to hospitals in Tehran. Materials and Methods: In this study, 116 BAL samples of patients admitted in Baqiyatallah, Imam Khomeini and Shariati hospitals were collected within 8 months. Nocardia DNA was extracted by phenol-chloroform protocol. In Duplex PCR, primers NG1 and NG2 were used to amplify a Nocardia genus- specific 598-bp fragment of 16S rRNA gene. BetF and BetR primers were used as housekeeping gene to amplify 204-bp fragment. Gel-purified PCR products were sequenced. Results: Using Duplex PCR, 7 (%6.03) samples were positive for Nocardia spp. . Sequencing results showed that the species identified were N.cyriacigeorgica (6 case) and N. otitidiscaviarum (1 case). Conclusion: In the present study, DNA extracted from Nocardia Spp. in BAL specimens by manual method during minimum time which had not previous record in Iran. The study also was carried out on patients with suspected tuberculosis which restricted work has already been done on them. In this study, N. cyriacigeorgica was dominant species that has been introduced during recent years, which should be considered in clinical laboratories and research centers.