Polyphasic identification of Lechevaliera fradia subsp. Iranica, A rare actinomycete isolated from Loshan region of Iran

شناسايي پلي فازي Lechevaliera fradia subsp. Iranica، يك اكتينومايست نادر جدا شده از منطقه لوشان ايران

مقدمه: اكتينومايست‏ها به طور وسيعی در محيط‏های طبيعی و ساخته دست بشر پراكنده شده‏اند و توانايی تجزيه مواد آلی را دارا هستند. همچنين، آن‏ها به عنوان يك منبع غنی برای توليد آنتي‏بيوتيك‏ها و مولكول‏های فعال زيستی شناخته مي‏شوند و از اهميت چشمگيری در صنعت برخوردار هستند . مواد و روش ‏‏ ها: در اين مطالعه، يك اكتينومايست نادر با نام LO5 جداسازی شد و تحت شناسايی پلی فازی قرار گرفت . اين اكتينومايست نادر بر اساس ديدگاه تاكسونومی پلی فازی كه به‏وسيله كميته بين المللی سيستماتيك پروكاريوت‏ها (ICSP) مصوب شده است، شناسايی شد . نتايج: ديواره سويه LO5 دارای دي‏آمينو پايمليك اسيد نوع مزو يا دی (D) و همچنين، گالاكتوز، مانوز و رامنوز به‏عنوان قندهای تشخيصی است. محتوای فسفوليپيدی غشا شامل: دی فسفاتيديل گليسرول، فسفاتيديل گليسرول و فسفاتيديل اتانول آمين است. تحليل فيلوژنی بر اساس مقايسه توالی كامل ژن 16S rRNA نشان داد كه اين سويه از اعضای خانواده Pseudonocardiaceae و دارای شباهت 6/98 درصدی به Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T است. ارتباط DNA-DNA بين سويه LO5 و Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T گويای مقدار 75 درصدی است كه با توجه به بالاتر بودن آن از حد 70 درصد كه برای معرفی گونه‏های جديد به آن استناد مي‏شود، سويه LO5 به عنوان زيرگونه Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T با نام Lechevalieria fradiae subsp. Iranica IBRC-M 10378 معرفی مي‏شود. بحث و نتيجه ‏ گيری: يك روش پلی فازی مبتنی بر مطالعات فنوتيپی، شيميوتاكسونومی و فيلوژنی برای طبقه‏بندی يك اكتينومايست نادر در حد زيرگونه پيشنهاد شده است . برای به دست آوردن اطلاعات مورد نياز برای تعيين وضعيت تاكسونوميك سويه LO5 ، از تكنيك‏هايی استفاده شده است كه با حداقل استانداردهای لازم برای طبقه‏بندی يك ميكروارگانيسم خاص كه توسط زيركميته‏‏های تاكسونومی كميته بين المللی سيستماتيك پروكاريوت‏ها تصويب شده اند، مطابقت دارند .

Introduction: Actinomycetes are widely distributed in natural and man-made environments and have capability for degradation of organic matter. They are also well known as a rich source of antibiotics and bioactive molecules and are of considerable importance in industry. Materials and methods: In this study, a rare actinomycete was isolated and subjected to polyphasic identification. Identification of this rare actinomycetes was carried on according to polyphasic taxonomic approach which has been outlined by International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP). Results: The cell wall of strain LO5 contained meso-diaminopimelic acid as diaminoacid and galactose, mannose and rhamnose as diagnostic sugars. The phospholipids consisted of diphosphatidylglycerol, phosphatidylglycerol and phosphatidylethanolamine. Phylogenetic analysis based on nearly complete 16S rRNA gene sequence comparison revealed affiliation to the family Pseudonocardiaceae and its similarity to the most closely related neighbor the Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T was 98.6%. The level of DNA–DNA relatedness between the novel strain and Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T was only 75 %. So according to the recommendations of a threshold value of 70% DNA-DNA similarity, LO5 belongs to the species Lechevalieria fradiae CGMCC 4.3506T. On the basis of genomic and phenotypic properties, the subspecies Lechevalieria fradiae subsp. Iranica IBRC-M 10378 is proposed. Discussion and conclusion: A polyphasic approach based on phenotypic, chemotaxonomic and phylogenetic investigations has been proposed for categorizing of a rare actinomycete in subspecies level. The techniques used to obtain the data required for determination of the taxonomic status of this isolate are based on minimal standards that have been established by some of the taxonomic subcommittees of the International Committee on Systematics of Prokaryotes (ICSP) for specific groups of organisms.