بررسي وجود ژن كد كننده اسكوالن اپواكسيداز در قارچ درماتوفيت ترايكوفايتون ويولاسيوم

Characterization of squalene epoxidase encoding gene in dermatophyte pathogen Trichophyton violaceum

سابقه و هدف: ترايكوفايتون ويولاسيوم يك قارچ درماتوفيت است كه پوست، ناخن و موي انسان را مورد تهاجم قرار مي دهد. اما مطالعات كمي بر روي زيست شناسي مولكولي اين قارچ انجام شده است. اين مطالعه با هدف بررسي حضور ژن كد كننده اسكوالن اپواكسيداز در قارچ ترايكوفايتون ويولاسيوم انجام شده است. مواد و روش ها: اين مطالعه به صورت مقطعي بر روي قارچ ترايكوفايتون ويولاسيوم جدا شده از بيماران مراجعه كننده به بخش قارچ شناسي دانشگاه علوم پزشكي تهران با علايم كچلي، انجام گرديد. پس از استخراج DNA، به كمك پرايمرهاي اختصاصي، ژن كد كننده اسكوالن اپواكسيداز با روش PCR تكثير و توالي آمينواسيدي آن با روش تعيين توالي مشخص گرديد. يافته ها: الكتروفورز محصول PCR حضور قطعه حدود 600 جفت بازي، تاييد كننده تكثير ژن اسكوالن اپوكسيداز را نشان داد. اين توالي با شماره دسترسيJX869101 در پايگاه جهاني ژن (NCBI) ثبت گرديد. اين قطعه، پروتييني با 220 آمينو اسيد را رمز مي نمايد. مقايسه توالي اين ژن با ساير ژن هاي موجود در بانك هاي اطلاعات ژنتيكي، همساني بالا و معني دار آن را با ساير ژن هاي كد كننده پروتيين آنزيم اسكوالن اپوكسيداز در قارچ ها و يوكاريوت هاي ديگر نشان داد. نتيجه گيري: نتايج اين پژوهش نشان داد كه توالي اسيدآمينه كه پروتيين را مي سازد حدود 78 درصد با توالي اسكوالن اپواكسيداز ساير قارچ ها تشابه دارد.

Background and Objectives: Trichophyton violaceum is one of the dermatophyte fungi which invades the skin, nail and hair of humans. Few studies were carried out in the field of molecular biology of this fungus. This study aimed to evaluate the presence of the squalene epoxidase encoding gene in Trichophyton violaceum. Materials and Methods: This sectional study was performed on the Trichophyton violaceum isolated from the patients who were visited at department of Mycology, Medical division of Tehran University. Following DNA extraction, the squalene epoxidase encoding gene was amplified by PCR preformed and its specified primers. The amplified gene was finally sequenced and its aminoacid sequences were identified. Results: Based on electrophoresis of PCR products, a fragment with 600bp nt was observed, which confirmed the amplification of squalene epoxidase gene. This gene was recorded in the national the NCBI gene bank as JX869101. This gene encodes a polypeptide with 220 aminoacids. PCR Nucleotide sequence comparison of this new gene with other existing genes in the gene bank revealed a significant homology with squalene epoxidase genes in other members of the fungi and other eukaryotes, as well. Conclusion: The aminoacid sequence of the encoded protein was about 78% identical to the sequence of squalene epoxidase from other fungi. Keywords: Trichophyton violaceum, Squalene epoxidase, Dermatophyte.