خصوصيات فنوتيپي و ژنوتيپي سودوموناس ساواستانوي، جدا شده از ياسمن زمستاني در شيراز، با استفاده از روشBOX-PCR

Phenotypic and genotypic characterization of Pseudomonas savastanoi isolated from winter jasmine, using BOX-PCR, in Shiraz

سابقه و هدف: ياسمن زمستاني، گياهي از خانواده زيتون مي باشد كه در زيباسازي فضاهاي شهري كاربرد دارد. گال سرشاخه ناشي از سودوموناس ساواستانوي يكي از بيماري هاي مهم در اين گياه مي باشد. اين مطالعه با هدف ارزيابي تنوع فنوتيپي و ژنوتيپي سودوموناس ساواستانوي جدا شده از ياسمن زمستاني در شيراز، با استفاده از روش BOX-PCR انجام گرديد. مواد و روش ها: اين پژوهش به صورت تجربي بر روي 23 جدايه سودوموناس ساواستانوي جدا شده از ياسمن زمستاني شيراز انجام شد. به منظور رديابي مستقيم از آغازگر IAAL و روش PCR استفاده گرديد. بررسي تنوع ژنتيكي سودوموناس ساواستانوي با روش rep-PCR و آغازگر BOX انجام شد. در ادامه داده‌هاي مرتبط با خصوصيات فنوتيپ جدايه هاي مورد بررسي به كمك نرم افزار NTsys-PC آناليز گرديد. يافته ها: بر اساس آناليز عددي خصوصيات فنوتيپي، سويه ها در سطح 88% با يكديگر تشابه داشتند، اما گروه بندي خاصي براي آن ها مشاهده نگرديد. با استفاده از آغازگر اختصاصي IAAL و عصاره گال در بافر GES، قطعه DNA با اندازه تقريبي 454 جفت باز تكثير شد. با استفاده از نرم‌افزارNTsys-pc در آزمون rep-PCR و آغازگر BOX، مشخص شد كه جدايه ها در سطح تشابه 81%، به سه كلاستر تقسيم مي شوند. كلاستر اول شامل جدايه هاي ياسمن زمستانه شيراز، كلاستر دوم شامل جدايه خرزهره تهران و كلاستر سوم دربرگيرنده جدايه زيتون تهران و جدايه استاندارد بود. نتيجه گيري: نتايج به دست آمده در اين مطالعه نشان داد كه با استفاده از آغازگر BOX مي توان جدايه هاي سودوموناس ساواستانوي متعلق به مناطق مختلف و ميزبان هاي متفاوت را از يكديگر تفكيك نمود. همچنين مطالعه حاضر اولين گزارش رديابي مستقيم باكتري سودوموناس ساواستانوي از گال گياهان آلوده در ايران مي باشد. Background and Objectives: Winter jasmine, Jasminum nudiflorum, is a tree belonging to Syringa family, which is used in the urban designing. The gall disease in the tree branches caused by Pseudomonas savastanoi is one of the most important diseases in this trees The purpose of this study was to determine the phenotypic and genotypic diversity of P. savastanoi using the BOX-PCR. Materials and Methods: This experimental study was performed on 23 P. savastanoi isolated from winter Jasmine, Shiraz, Fars, Iran. A IAAL primer and PCR approach was used to direct tracking of the strains. The genotypic characteristics of the P. savastanoi isolates was performed by rep-PCR using BOX primers. The data were next analysed using NTsys-PC software. Results: Base in numerical analysis of phenotypic characteristics, the strains showed 88% similarity to each other. Using IAAL primer and GES buffer obtained from gall extract, DNA fragments with 454 bp length were amplified. Using rep-PCR option and BOX primer in NTsys-pc software, it was shown that the isolates can be divided into three cluster with 81% similarity. These clusters belonged to Shiraz’s Winter Jasmine isolates, Tehran’s Oleander isolate and Tehran’s Olive as well as standard isolate. Conclusion: On the basis of our findings, using BOX-PCR it is possible to differentiate the P. savastanoi isolated from different geographical areas and different hosts. Furthermore, this is the first report of direct detection of P. savastanoi from gall using PCR in Iran.