بررسي جهش‌هاي اگزون‌هاي 1 و 2 ناحيه 3´UTR ژن VSX1 در بيماران مبتلا به ورم بهاره ملتحمه‌ي چشم در شهركرد با استفاده از روش‌هاي PCR-SSCP/HA و Sequencing

Mutation Screening of 3ʹʹUTR and Exons 1-2 of VSX1 Gene by PCR-SSCP/HA and Sequencing in Patients with Vernal Keratoconjuctivis (VKC) in Shahrekord

زمينه و هدف: ورم ملتحمه بهاره (Vernal Kerato Conjunctivitis) يك واكنش ايمني در ارتباط با آنتي ژن‌هاي محيطي مي‌باشد كه منجر به التهاب بافت ملتحمه چشم مي‌شود. يكي از عوامل ژنتيكي موثر محتمل در اين بيماري ژن VSX1 مي‌باشد. در مطالعه‌ي حاضر جهش‌هاي واقع در اگزون 1، 2 و 3ʹUTR ژن VSX1در بيماران مبتلا به VKC در شهركرد با استفاده از روش‌هاي PCR-SSCP و PCR-HAبررسي شد. روش بررسي: در اين مطالعه مقطعي، نمونه خون محيطي 100 فرد مبتلا به بيماري ورم ملتحمه و همچنين 100 فرد كه هيچ نوع بيماري چشمي در آنها ثابت نشده بود به عنوان گروه كنترل مورد بررسي قرار گرفت. DNA ژنومي به روش فنول-كلروفرم استخراج شد و توسط PCR تكثير گرديد، سپس با استفاده از محصول PCR، SSCP و HA انجام گرفت و نمونه‌هايي كه داراي باندهاي متفاوت بودند به منظور تعيين نوع تغيير نوكليوتيدي توالي يابي شدند. در ادامه، به منظور بررسي نوع تغيير نوكليوتيدي مشاهده شده از روش RFLP استفاده شد. يافته‌ها: با بررسي نتايج SSCP، 6 نمونه در اگزون‌هاي 1 و2 و 13 نمونه در ناحيه 3ʹUTR داراي باند شيفت بودند كه به‌منظور تعيين نوع تغيير نوكليوتيدي توالي يابي شدند، نتايج توالي يابي يك تغيير چهارچوب (delG 25057561g. ) در ناحيه 3ʹUTR نشان داد. در توالي‌هاي ديگر تغييري مشاهده نشد. نتيجه‌گيري: با توجه به نتايج اين مطالعه به احتمال زياد ژن VSX1 نقش موثري در بيماري‌زايي VKC در جمعيت مورد مطالعه ندارد. بنابراين در مورد نقش پاتوژنژ ژن VSX1 در ورم ملتحمه بهاره نياز به مطالعه بيشتري مي‌باشد. واژگان كليدي: VSX1، جهش، ورم ملتحمه بهاره، PCR-HA، PCR-SSCP

Background and Objective: Vernal Keratoconjuctivis is an immune response in relation to environmental antigens, leading to inflammation of the conjunctiva. One of the presumable genetic factors in VKC is VSX1 gene. In this study, mutations in exon 1, exon 2 and 3ʹUTR of VSX1 gene in patients with VKC in Shahrekord were investigated by PCR-SSCP and PCR-HA. Materials and Methods: In this cross- sectional study, peripheral blood samples of 100 patients with VKC and 100 individuals with no confirmed eye disease as control group were investigated. Genomic DNA was extracted by phenol-chloroform method and then PCR was carried out. Then, SSCP and HA were performed and the samples with shifted bands were sequenced for the type of nucleotide change. Afterwards, to investigate the observed nucleotide change, RFLP method was used. Results: Our SSCP findings revealed six patients with shifted band in exons 1 and 2 and 13 patients in 3ʹUTR, which were sequenced for nucleotide change. Analysis of sequencing data showed a frameshift change (g. 25057561delG) in 3ʹUTR. There was no change in other sequences. Conclusion: The findings of this study showed that, VSX1 gene most probably has no effective role in VKC pathogenesis in the studied population. Therefore, the role of VSX1 genes in VKC pathogens needs further investigation. Keywords: Mutation, Vernal Keratoconjuctivis, VSX1 gene