الكتروفورز افقي پلي‌اكريل‌آميد با استفاده از چاهك‌هاي ژل‌آگارز

Horizontal Polyacrylamide Gel Electrophoresis by Agarose Slots

الكتروفورز افقی ژل‌آگارز، یكی از ابزارهای پایه در زیست‌شناسی مولكولی است. این روش  آسان و سریع بوده، استفاده از آن نیاز به مهارت زیادی ندارد. یكی از معایب ژل‌آگارز این است كه جداسازی قطعات كوچك DNA با تفاوت­های ناچیز در حد چند جفت باز و همچنین تفكیك قطعات كوچك مولكول­های DNA و پروتئین در این ژل به‌خوبی امكان‌پذیر نیست كه به‌طور متداول در این موارد از ژل پلی‌اكریل‌آمید استفاده می­شود. الكتروفورز عمودی ژل پلی‌اكریل‌آمید علی­رغم مزایایی كه دارد ولی روشی پیچیده، گران و زمان‌بر می­باشد. اخیراً روشی برای الكتروفورز ژل پلی‌اكریل‌آمید به‌صورت افقی معرفی شده است كه ضمن داشتن مزایا نسبت به روش عمودی، ولی نیازمند ساخت دستگاهی جدید جهت انجام عمل الكتروفورز می­باشد. در این پژوهش از دستگاه الكتروفورز افقی ژل‌آگارز با اندكی تغییرات، به‌منظور انجام الكتروفورز ژل پلی­اكریل­آمید برای قطعات DNA  تكثیر شونده توسط نشانگرهای ریزماهواره­ای استفاده شد. در این روش عمل الكتروفورز ژل پلی‌اكریل‌آمید، به‌صورت افقی و با استفاده از ژل دو قسمتی آگارز و پلی‌اكریل‌آمید انجام شد. نتایج نشان داد باندهای حاصل از الكتروفورز كاملاً شفاف و واضح می­باشند. همچنین در این روش، مشكلات تشكیل حباب در ژل و پارگی ژل، در هنگام جداسازی شیشه از ژل، وجود ندارد. دستگاه الكتروفورز معرفی شده، دو منظوره است كه می­توان از آن هم برای ژل آگارز  و هم برای ژل پلی‌اكریل‌آمید استفاده نمود.

Horizontal submerged agarose gel electrophoresis of nucleic acids is a basic tool of modern molecular biology. This method is quick and easy and the use of that does not require too much skills. Separation of small fragments of DNA and molecular proteins are not possible with agarose gel efficiently, so that acrylamide gel is used for the above mentioned aims.  Vertical polyacrylamide gel electrophoresis, which is costly, time consuming with hard handling. Recently, a method of horizontal polyacrylamide gel electrophoresis was introduced which requires especial equipment. In this study, we used the agarose electrophoresis tank with changes for small DNA fragments of SSR markers separation by horizontal polyacrylamide gel electrophoresis. In this method, horizontal electrophoresis performed using by a two-part gel prepared with agarose and polyacrylamide. The results showed the very sharp bands and in addition, in this electrophoresis method air bubbles not formed and cause reduction rupturing in the gel by glasses separation. New devised electrophoresis system can be applied for two aims, agarose and polyacrylamide gels electrophoresis.