بررسي بيوانفورماتيكي و سيتوژنتيك مولكولي ناحيه cM24-cM 20 از كروموزوم 15 داراي عدم تعادل آلليك در موش‏هاي مستعد سرطان رحم

Bioinformatics and Molecular Cytogenetic Study of a Small Region of Chromosome 15 Including Allelic Imbalances in Uterine Cancer Prone Inice

هدف: هدف از اين تحقيق شناسايي ژن‏هاي ناحيه 2 داراي عدم تعادل آلليك با استفاده از روش‏هاي بيوانفورماتيك و سپس انتخاب و مطالعه برخي از آن‏ها با استفاده از روش هيبريداسيون درجا بود. مواد و روش‏ها: تومورهاي تاييد شده توسط متخصص پاتولوژي براي كشت سلولي مورد استفاده قرار گرفت. كروموزوم‏هاي متافازي با روش‏هاي متداول تهيه گرديد. سپس پراب ژن‏هاي مربوطه نشاندار شده جهت انجام هيبريداسيون بر روي اسلايدها ريخته شد. سپس مرحله آشكارسازي پراب‏هاي نشاندار انجام شد. اسلايدها توسط ميكروسكوپ فلورسانس و با استفاده از نرم افزار CW4000 Laica مورد مطالعه قرار گرفتند. نتايج: با استفاده از پايگاه‏هاي اطلاعاتي در ناحيه مورد مطالعه 104 ژن شناسايي گرديد ولي بسياري از آن‏ها داراي عمل‏كرد مشخص نبودند. بر اساس نتايج حاصل از روش هيبريداسيون درجا FISH: Fluorescence in situ hybridization) مشخص شد كه ژن‏هاي Fermt2, Socs4 و Dlgap5 داراي فزوني‏يابي ژني و Lgals3 داراي كاهش تعداد نسخه ژني بودند. نتيجه گيري: احتمالا دو ژن Socs4 و Dlgap5 از جمله ژن‏هايي مي‏باشند كه در بروز سرطان رحم نقش موثر دارند.

Aim: Previous studies using LOH technique on BDII rats showed four distinct Allelic imbalance on chromosome 15. In this research we have studied region 2 including Allelic imbalance by bioinformatic approachs and FISH (Florescence in situ hybridization) technique. Material and Methods: The confirmed tumors by an expert pathologist were used for cell culture. Metaphase chromosomes were prepared by conventional methods. The corresponding genes labeled probe for hybridization was poured onto slides. The labeled probe was then subjected to detected phase. Slides were studied under a fluorescence microscope using software CW4000 Laica. Results: Using some of the database we could register 104 genes. But most of them did not have a clear function. According of FISH results, Dlgap5, Fermt2 and Socs4 had amplification and Lgals3 had copy number reduction. Conclusion: according to our results, the Dlgap5 and Socs4 are probably involve in EAC Keywords: Endometrial adenocarcinomas, FISH, Paint, Rat