بررسي ژن‌هاي مشترك سرطان پستان و چاقي به‌روش اولويت‌بندي ژن‌هاي كانديدا

Investigation of the molecular relationship between breast cancer and obesity by candidate gene prioritization methods

زمینه و هدف: گزارش‌های زیادی چاقی را به‌عنوان یك ریسك فاكتور مؤثر در ایجاد سرطان پستان تأًیید می‌كند، اما ارتباط مولكولی چاقی و سرطان پستان هنوز به درستی روشن نیست. مطالعه حاضر با هدف بررسی اولویت ژن‌های مؤثر در ارتباط مولكولی چاقی و سرطان پستان انجام شد. روش بررسی: این پژوهش از فروردین تا تیر 1393 در مركز پژوهش‌های بیوشیمی و بیوفیزیك دانشگاه تهران به‌روش شبیه‌سازی رایانه‌ای برای الویت‌بندی ژن‌های مؤثر در ارتباط مولكولی چاقی و سرطان پستان انجام شد و از الگوریتم Multiple Data Sources برای تجزیه و تحلیل داده‌ها استفاده شد. ژن‌های آموزشی از میان ژن‌هایی انتخاب شد كه تأثیر آنها در یكی از اختلالات چاقی و سرطان پستان و یا در هر دو، در مطالعات پیشین تأیید شده بود. دو دسته ژن كاندیدا وارد مطالعه شدند. گروه اول ژن‌هایی كه در پنج ناحیه كروموزومی مشترك چاقی و سرطان پستان قرار داشتند و گروه دوم ژن‌های حاصل از آنالیز نتایج میكرواری پژوهش Creighton و همكاران بودند. یافته‌ها: تعداد 72 ژن حاصل آنالیز میكرواری و ژن‌های پنج ناحیه‌ی كروموزومی، به چهار سبك اولویت‌بندی شدند كه از این میان پنج ژن NTRK3, TNFRSF10B, F2, IGFALS و HSP90B1 در 10 اولویت اول دو بار تكرار شده بود. این پنج ژن در ایجاد ارتباط مولكولی بین چاقی و سرطان پستان در اولویت قرار گرفتند. نتیجه‌گیری: وجود ژن‌های مشترك بین سرطان پستان و چاقی نشانگر وجود ارتباط مولكولی بین این دو موضوع می‌باشد. در این پژوهش امكان تأثیر پلی‌مورفیسم ژن F2 در ایجاد سرطان پستان همراه با ریسك فاكتور چاقی تأیید شد كه در پژوهش‌های گذشته مطرح نشده بود.

Background: Cancer and obesity are two major public health concerns. More than 12 million cases of cancer are reported annually. Many reports confirmed obesity as a risk factor for cancer. The molecular relationship between obesity and breast cancer has not been clear yet. The purpose of this study was to investigate priorities of effective genes in the molecular relationship between obesity and breast cancer. Methods: In this study, computer simulation method was used for prioritizing the genes that involved in the molecular links between obesity and breast cancer in laboratory of systems biology and bioinformatics (LBB), Tehran University, Tehran, Iran, from March to July 2014. In this study, ENDEAVOUR software was used for prioritizing the genes and integrating multiple data sources was used for data analysis. Training genes were selected from effective genes in obesity and/or breast cancer. Two groups of candidate genes were selected. The first group was included the existential genes in 5 common region chromosomes (between obesity and breast cancer) and the second group was included the results of genes microarray data analysis of research Creighton, et al (In 2012 on patients with breast cancer). The microarray data were analyzed with GER2 software (R online software on GEO website). Finally, both training and candidate genes were entered in ENDEAVOUR software package. Results: The candidate genes were prioritized to four style and five genes in ten of the first priorities were repeated twice. In other word, the outcome of prioritizing of 72 genes (Product of microarray data analysis) and genes of 5 common chromosome regions (Between obesity and breast cancer) showed, 5 genes (TNFRSF10B, F2, IGFALS, NTRK3 and HSP90B1) were the priorities in the molecular connection between obesity and breast cancer. Conclusion: There are some common genes between breast cancer and obesity. So, molecular relationship is confirmed. In this study the possible effect of gene F2 polymorphism in making breast cancer associated with obesity risk factor was confirmed, the fact that past studies have not been reported.