بررسي تنوع ژنتيكي و رابطه فيلوژنتيكي جدايه‌هاي Polymyxa betae keskin در مزارع چغندرقند استان‌هاي خراسان رضوي و شمالي با استفاده از مكان‌هاي بين ژني (ITS)

Molecular and Phylogenetic Analysis of Polymyxa betae Keskin, Isolated from Sugar Beet Fields in Razavi and Northern Khorasan Provinces by ITS Sequence Analysis

به منظور بررسی تنوع ژنتیكی و رابطه فیلوژنتیكی جدایه‌هایPolymyxa betae از خاك 49 مزرعه چغندرقند استان خراسان رضوی و شمالی نمونه‌برداری شد. سپس در خاك‌های جمع آوری شده بذر چغندر قند رقم IC كاشته شد و بعد از 5 الی 7 هفته، DNA كل ریشه چغندرقند استخراج شد و منطقه 463 جفت بازی از قارچ P.betae شامل18s r RNA، ITS1، 5.8srRNA، ITS2 و28s rRNA با استفاده از جفت آغازگرهای Pxfwd1/ITS4 تكثیر شدند. بیست و دو جدایه از گونه فوق انتخاب و توالی‌یابی گردیدند. توالی‌های به‌دست آمده با 5 توالی از بانك ژن(NCBI) مقایسه شدند. بر طبق این آزمایش، جدایه‌های قارچ مزبور در دو گروه قرار گرفتند. جدایه‌های مناطق مختلف استان‌های خراسان رضوی و شمالی، در یك گروه و با شباهت ژنتیكی بسیار نزدیك به یكدیگر و جدایه‌های اروپایی در گروه جداگانه‌ای قرار گرفتند. نتایج این تحقیق حاكی از آن است كه منطقهITS2 نسبت به منطقه ITS1 در آنالیز فیلوژنی این جنس مناسب‌تر می‌باشد.

For study the genetic diversity and Phylogenetic analysis of Polymyxa betae Keskin , isolated from sugar beet fields in Razavi and Northern Khorasan provinces ,soil of 49 fields were sampled and sugar beet seeds (variety IC) were planted that .After DNA extraction, a genomic region comprises of 463 bp of P.betae isolation including 18s r RNA، ITS1 ,5.8srRNA ،ITS2 and 28s rRNA was amplified using Pxwd1 /ITS4 primers. The 22 isolates were selected and sequenced. According to our results, the fungal isolates grouped in two distinct clades. Isolates belonging to Razavi and Northern Khorasan provinces were clustered in one group with high similarity ,separated from European group . Consequently our data indicated that the ITS2 region is more proper to analyse genetic variation among the P.betae isolates than ITS1region.