بهينه سازي روش آناليز واحدهاي پشت سر هم تكرار شونده ((VNTR در ماشين هاي ترموسايكلر كلاسيك به منظور تايپينگ مولكولي بورخولدريا ماليي

Optimization of variable number tandem repeat (VNTR) analysis in the classical PCR machines for typing of Burkholderia mallei

چكيده سابقه و هدف: بورخولدريا ماليي عامل مشمشه و يكي از قديمي ترين بيماري هاي عفوني واگيردار و مشترك بين انسان و حيوان است كه اغلب تك سمي ها (اسب، الاغ، قاطر و گورخر) را مبتلا مي نمايد. همگام با پيشرفت در مطالعه ژنوم باكتري هاي بيماري زا در سال هاي اخير، روش هاي مولكولي به منظور مطالعه مقايسه اي و اپيدميولوژي بورخولدريا ماليي توسعه يافته اند. اين مطالعه براي اولين بار با هدف بهينه سازي روش آناليز متكي بر واحدهاي پشت سر هم تكرار شونده (VNTR) بر پايه چهار لوكوسBM140 ، BM1367، BM2065 وBM2971 به منظور تايپينگ مولكولي بورخولدريا ماليي انجام شد. مواد و روش ها: در اين مطالعه، سويه بورخولدريا ماليي Razi 325 به عنوان سويه استاندارد از آرشيو ميكروارگانيسم هاي موسسه تحقيقات واكسن و سرم سازي رازي تهيه شد. پس از استخراج ژنوم و انجام PCR براي هر 4 لوكوس، نتايج مربوطه براي هر لوكوس به صورت مستقل و تجميعي مورد بازبيني قرار گرفت. يك دستورالعمل واحد قابل اجرا از نظر دما و غلظت اجزاي مهم متغير سازنده ( كلرايدمنيزيم و پرايمرها) براي همه لوكوس ها تنظيم شد. يافته ها: مقايسه توالي جدايه با سويه هاي مرجع، پلي مورفيسم را در هر 4 لوكوس مورد مطالعه نشان داد. نتيجه گيري: شاخص ترين يافته كاربردي اين تحقيق، توسعه يك دستورالعمل واحد PCR بود كه هم از نظر اجزا و هم از نظر دما امكان اجراي چهار واكنش متفاوت را به صورت هم زمان در يك دور فعاليت ماشين PCR فراهم نمود.

Abstract Background & Objectives: Glander is one of the important zoonotic diseases that is usually caused in solipeds including horse, donkey, mule, zebra and rarely in human. In the recent years, many molecular methods have been developed for the genome study of the Burkholderia mallei. The present study was aimed to optimize VNTR method on the basis of BM140, BM1367, BM2065 and BM2971 loci in order to molecular typing of B. mallei for the first time. Materials & Methods: In this study, B. mallei Razi 325, as a standard strain, was obtained from the microbial archive of the Razi Vaccine and Serum Research Institute. Following DNA extraction and PCR amplification of 4 loci, results of each locus was analysed independently and in different combinations. A special protocol was set in terms of temperature and concentrations of the cotenants (MgCl2 and primers) for each locus. Results: A comparison of the sequences of our isolate with the standard strains indicated the presence of polymorphism in these loci. Conclusion: Achievement of a common PCR protocol, which is able to proceed simultaneously four different reactions in one PCR run, was the primary outcome of this research. Keywords: Burkholderia mallei, BM140, BM1367, BM2065, BM2971.