تجزيه و تحليل بيوانفورماتيكي و فيلوژنتيكي ژن هاي NADH3 وNADH4L ژنوم ميتوكندري شتر دو كوهانه ايران

Bioinformatics and Phylogenetic Analysis of NADH3 and NADH4L mitochondrial genes in Iranian Camelus bactrianus

حفظ تنوع ژنتيكي در نژادهاي بومي ايران به عنوان سرمايه ملي بسيار حايز اهميت است. بررسي توالي ژنوم ميتوكندري در بين نژادها يا در درون آنها مي تواند شاخص مناسبي از ميزان تنوع موجود در جمعيت هاي مورد مطالعه باشد. هدف از پژوهش اخير، بررسي بيوانفورماتيكي و فيلوژنتيكي توالي نوكليوتيدي ژنهاي NADH3 وNADH4L از ژنوم ميتوكندري در شترهاي دوكوهانه ايراني بود. بدين منظور10 نمونه خون از شترهاي دوكوهانه ايران جمع آوري گرديد. پس از استخراج DNA، تكثير قطعه 971 جفت بازي از ژنوم ميتوكندري شتر دوكوهانه توسط آغازگرهاي اختصاصي انجام گرفت. قطعات تكثير شده پس از خالص سازي به صورت رفت و برگشت توالي يابي شدند. نتايج به دست آمده تعداد 2 هاپلوتيپ مختلف بر اساس يك جايگاه چند شكل موجود در توالي ها نشان دادند و همچنين توالي نهايي بدست آمده از هاپلوتيپ ها با طول تقريبي715 جفت باز كه شامل 73/27 درصد آدنين، 70/13 درصد گوانين، 63/25 درصد سيتوزين،77/32 درصد تيمين بود. مقايسه توالي هاي نوكليوتيدي و اسيدآمينه اي ژن هاي NADH3 وNAD4L در شتر دو كوهانه ايراني نشان داد كه اين گونه با شتر دو كوهانه اهلي داراي فاصله ژنتيكي نزديكي است. تجزيه و تحليل فيلوژنتيكي با استفاده از روش Neighbor-Joining نشان داد، كه اين گونه در ميان خانواده شترسانان، با Lama كمترين قرابت را دارند

Keeping genetic diversity among native Iranian breeds is very important as a national resource. Studying mitochondrial genome between or within breeds can be a useful indicator of genetic diversity of the population to be studied. The aim of current study was bioinformatic and phylogenetic investigation of NADH3 and NADH4L genes of mitochondrial genome in Camelus bactrianus in Iran. For this purpose, blood samples were collected from 10 Camelus bactrianus in Iran. After extracting DNA, fragment 971 bp of genome mitochondrial of Camelus bactrianus amplified by primers. The amplified fragments were sequenced after purification. Results indicated two different haplotypes based on one single nucleotide polymorphism sequence. The final sequences of each haplotype had a length of approximately 715 bp which included 27/70 % adenine, 13/80 % guanine, 25/60 % cytosine and 32/80 % thymine. Comparison of nucleotide and amino acid sequences of NADH3 and NADH4L genes among Iranian Camelus bactrianus demonstrated that this specie had close genetic distance with domestic Camelus bactrianus. Phylogenetic analysis using Neighbor-Joining method showed that this specie has the lowest similarity with Lama among the Camelidae family.