بررسي تنوع ژنتيكي يك كلكسيون بين المللي برنج به وسيله نشانگر ريزماهواره

Genetic diversity analysis in a global panel of rice genotypes by microsatellites

در اين تحقيق به منظور بررسي تنوع ژنتيكي برنج مجموعه اي از 95 ژنوتيپ از كشورهاي مختلف جمع آوري و با 67 نشانگر ريزماهواره كه تمامي كروموزوم هاي برنج را پوشش مي دادند ارزيابي شدند. مجموعا تعداد 303 آلل چندشكل با ميانگين 52/4 آلل به ازاي هر جايگاه ريزماهواره تكثير يافت. آماره محتوي اطلاعات چند شكلي داراي ميانگين 51/0 در كل جمعيت بود. حداكثر و حداقل محتوي اطلاعات چند شكل به ترتيب مربوط به نشانگر ريز ماهواره 10364 RM (81/0) و RM 4862 (11/0) بود. تجزيه خوشه اي بر مبناي ضريب فاصله ني ژنوتيپ ها را بر مبناي تفاوت هاي ژنتيكي و مبدا جغرافيايي در 4 گروه اصلي جاي داد. تجزيه به مختصات اصلي با در نظر داشتن دو مولفه اول كه 15/71 % از تغييرات كل را توجيه مي كردند نيز نتايج تجزيه خوشه اي را تاييد كرد. صحت گروه بندي افراد به وسيله تجزيه واريانس مولكولي ارزيابي و تاييد شد. اين تحقيق با ارزيابي فواصل ژنتيكي بخشي از ژرم پلاسم برنج ايراني در مقابل ارقام و لاين هاي خارجي نتايج مناسبي براي بهره وري از ذخاير توارثي داخلي در برنامه-هاي به نژادي را فراهم مي كند.

The study was designed to characterize the genetic diversity of 95 rice genotypes from various countries by 67 microsatellite markers which covered all rice chromosomes. Number of 303 alleles was detected with an average of 4.52 alleles per locus. The average polymorphism information content value across the marker dataset was 0.51, and it was varied from 0.81 (RM 10346) to 0.11 (RM 4862). The cluster analysis based on UPGMA and Nei genetic distance grouped the studied population in four main subgroups with a significant tendency to cluster by geographical origins. Phylogenetic relationships among the genotypes were in agreement with cluster analysis results. Principal co-ordinates analysis (PCoA) with considering two first co-ordinates that explained about 71.15% of the total variation also confirmed cluster analysis results. Accuracy of cluster analysis was assessed by analysis of molecular variance and results revealed significant difference between clusters. The present study by evaluation genetic distances in part of Iranian germplasm against foreign inbreed lines and varieties obtain appropriate results for applying Iranian germplasm in rice breeding projects.