بررسي فاز عدم تعادل لينكاژي بر روي كروموزوم شماره 6 گاو هاي نژاد هلشتاين

Investigations of linkage disequilibrium phase in chromosome 6 of Holstein breed

در مطالعات ارتباطي و انتخاب ژنومي تعيين وسعت عدم تعادل لينكاژي، در تشخيص ميزان نشانگر مورد نياز و اندازه نمونه، اهميت دارد. دراين پژوهش از 1089 گاو نر هلشتاين نمونه خون و اسپرم تهيه شد و با استفاده از بسته نشانگري K50 شركت ايلومينا ژنوتيپ 2030 نشانگر بر روي كروموزوم شماره 6 بر مبناي اسمبلي UMD3.1 ژنوم گاو تعيين شد. داده ها براي جهش تك نوكليوتيدي نادرست و افراد با ژنوتيپ هاي نامشخص با استفاده از نرم افزار Plink تصحيح شد. پس از تصحيح 1606 نشانگر (%79) باقي ماند. متوسط هتروزيگوسيتي مشاهده شده 37/0 بود و %80 نشانگر ها حداقل فراواني آللي بالاتر از 2/0 داشتند. عدم تعادل لينكاژي با محاسبه دو پارامتر D? و r2 از طريق نرم افزار Haploview محاسبه شد. در اين مطالعه وسعت عدم تعادل لينكاژي kb40 ( 3/0=r2 ) برآورد شد و مقدار r2 در kb80 به 2/0(سطح متوسط) و در kb300 به 1/0 (سطح پايه)كاهش يافت. اندازه موثر جمعيت در 10 نسل قبل حدود 100 راس بود. علاوه بر اين، 49 بلوك هاپلوتيپي با دامنه kb472-18 و پوشش Mb 6/10 از كل كروموزم شناسايي شد. نتايج اين پژوهش نشان داد كه بطور تقريبي بين 70000- 40000 نشانگر يا يك نشانگر به ازا هر kb 75-40 براي مطالعات ارتباطي كل ژنوم در اين جمعيت مورد نياز است.

In whole genome association study, genomic selection, Determining of extent and level of linkage disequilibrium (LD) is important in sample size and marker density. In this experiment, the blood and sperm samples were collected form 1089 Holstein bulls and 2030 markers on chromosome 6 were genotyped by using Illumina Bovine SNP50K BeadChip based on UMD3.1 genome assembly. Data were corrected for missing genotyped SNP and individual with unknown genotype by Plink. After correction 1606 markers remained (79%). The average observed heterozygosity was 0.37 and 80% of the markers had minor all frequency more than 0.2. The LD was calculated with r2 and D? by Haploview v4.2. The extent of LD in this study was 40 kb with r2=0.3. The r2 value was decreasing to 0.2 (moderate level) in 80kb and 0.1 (background level) in 300 kb. The effective population size has been decreased to 100 individual in 10 generations ago. The 49 haplotype blocks with range 18-472 kb were detected that covering the 10.6 Mb of whole chromosome. These results showed that between 4000-70000 markers or one marker per 40-75 kb will be need for whole genome association study in this Holstein population.