رديابي و تعيين خصوصيات مولكولي جدايه‌هاي ايراني Fig badnavirus-1 بر اساس ژن توليد كننده آنزيم پروتياز

Detection and Molecular Characterization of Fig badnavirus-1 Iranian isolates on the Basis of the Protease Gene

بادنا ويروس 1 انجير (Fig badnavirus -1) متعلق به خانواده Caulimoviridae و جنس Badnavirus بوده و يكي از شايع‌ترين عوامل ويروسي همراه با بيماري موزاييك انجير در انجيركاري‌هاي جهان مي‌باشد. تعداد 392 نمونه برگي علايم دار و بدون علايم ويروسي از انجير كاري‌هاي نه استان كشور جمع آوري شد. نمونه‌ها توسط آزمون سرولوژيكي Dot Immunobinding Assay (DIBA) و با استفاده از آنتي‌سرم اختصاصي ويروس موزاييك انجير مورد بررسي قرار گرفتند. وجود ويروس در نمونه‌هاي آلوده توسط آزمون‌هاي مولكولي مورد تاييد قرار گرفت. براي اين منظور، DNA كل از نمونه‌هاي آلوده استخراج و با استفاده از آغازگر اختصاصي براي ژن پروتياز، قطعه‌اي به طول تقريبي 1055 جفت باز تكثير شد. پس از مشخص شدن توالي نوكليوتيدي منطقه تكثير شده نه جدايه FBV-1 مربوط به استان‌هاي مختلف، توالي‌هاي آنها با رس شمارهاي KU314932-40 در بانك ژن ثبت شدند. نتايج همرديف سازي توالي‌ها نشان داد جدايه‌هاي ايراني در هر يك از سطوح نوكليوتيدي يا اسيد آمينه‌اي به ميزان 99-98% مشابه بودند. در بررسي تبارزايي بر مبناي توالي نوكليوتيدي جدايه‌هاي مورد بررسي در دو گروه قرار گرفتند و جدايه‌هاي ايراني مستقل از جدايه آمريكا در گروه مجزا قرار گرفتند. نتايج اين بررسي حاكي از حضور جمعيت‌هاي متفاوت FBV-1 در ايران بود.

Fig badnavirus-1, a species of the genus Badnavirus in the family Caulimoviridae, is one the most prevalent viruses associated with the fig mosaic disease through fig plantations worldwide. During the growing seasons of the year 2012-2013, a total of 392 asymptomatic and symptomatic leaf samples were collected from different fig orchards located in nine provinces of Iran. Using the DIBA serological test and universal serum, samples were tested for the presence of fig mosaic disease. Following total DNA extraction from infected samples, an amplicon with a size about 1055bp was amplified using specific primer for FBV-1 protease gene. Protease gene of nine representative FBV-1 samples from different provinces were sequenced and submitted in GenBank under the accession numbers KU314932-40. Blast analysis showed 98-99% identity between the Iranian isolates at the nucleotide and amino acid levels. Phylogenetic analysis on the basis of the nucleotide sequences of studied isolates categorized them into two different groups in which Iranian isolates grouped together in a separate group distinct from American isolate. Results of this study indicated the presence of different FBV-1 populations in Iran.