بررسي ژنوم بيان‌شده در سلول‌هاي غدد برگي گياه دارويي Fruticosa Salvia براي تعيين عناصر مهم ژنومي

Study of the genomes expressed in the cells of the leaf trichomes for determining of important genomic elements in medicinal herb; Salvia fruticosa

سابقه و هدف : روش هاي ژنوميكس نظير تجزيه و تحليل توالي هاي EST، امكان شناسايي ماركرهاي مرتبط با ژن هاي بيان شده و miRNA هاي شبكه هاي تنظيمي و متابوليكي را فراهم مي آورند. در اين مقاله شناسايي عناصر مرتبط با ژنوم بيان شده در غدد برگي Salvia fruticosaمورد بررسي قرار گرفت. مواد و روش ها : 1465 توالي EST مربوط به كتابخانه ژنوم بيان شده در سلول غدد برگي گياهان جنس Salvia از خانواده نعناعيان از پايگاه داده NCBI دريافت شد. پس از جمع آوري و حذف‌ توالي هاي مربوط به وكتور، كلروپلاست، توالي هاي تكراري، سر هم بندي آن ها، توالي هاي كانتيگ و سينگلتون ايجاد شد. با استفاده از جستجوي BlastX، hit هاي موجود و هم چنين فراواني و توزيع نشانگرهاي EST-SSR با استفاده از SSRTools مشخص شد. miRNA هاي مرتبط با توالي هاي مورد نظر با استفاده از مدل سازي و جستجو در گياه آرابيدوپسيس مشخص شدند. يافته ها : تعداد 153 كانتيگ و 777 سينگلتون مشخص شد. BLASTX، 477unigene داراي hit را مشخص نمود. Gene enrichment analysis توالي ها را در گروه هاي كاركردي مختلف قرار داد. در بين نشانگرهاي مولكولي EST-SSRs مشخص شده دي- نوكليوتيدهاي AT/GA ، تري- نوكليوتيدهاي GCC ، تترانوكليوتيدهاي TAAT داراي حداقل چهار تكرار بيش ترين فراواني را دارد، براي تكرار هاي پنتا و هگزا نوكليوتيدي AAGAG و AGTATT ، CGTGGT به صورت سه تكرار پشت سر هم يك بار گزارش شد. براي ژنوم بيان شده تعداد 40 عددmiRNA مرتبط با ژن هاي مختلف مشخص شد. نتيجه گيري : EST-SSRs مشخص شده در اين گياه مي تواند براي تعيين تنوع بين گونه هاي مختلف اين جنس در خانواده گياهان lamiaceae استفاده شود. دو miRNA مهم مرتبط براي تنظيم بيان ژن آنزيم مونوترپن سنتاز در مسير توليد ترپنوييدهاي مهم موجود در اين گياه مورد استفاده قرار گيرد

Aim & Background: Strategy genomics such as analysis of EST sequence, provide to identify markers associated with gene expressed and miRNA related regulatory and metabolic networks. In this study identifying elements associated with genome expressed were examined in Salvia fruticosa leaf trichomes. Material and methods: After collecting and removal of vector sequences, chloroplasts, repetitive, assembly them, were created Singletons and contigs sequences. Using by the BlastX, current hits and frequency and distribution of EST-SSR markers were determined using SSRTools. Related miRNA target sequence using modeling and search were identified in Arabidopsis thaliana. Results: 153 contigs and 777 Singletons was found. BLASTX has revealed 477 unigene with hits. Gene enrichment analysis sequences in different functional groups of the contract. The molecular markers EST-SSRs identified di-nucleotide AT / GA, tri- nucleotides GCC, Tetra- nucleotides TAAT repeated at least four most frequent and penta and hexa-nucleotide repeat of AAGAG and AGTATT, CGTGGT three tandem repeats a times reported. miRNA gene expression were identified related to a number of 40 different genes. Conclusion: EST-SSRs identified in the plant can be used to determine the variation between different species of this genus in the plant family lamiaceae. Two related miRNA(monoterpene synthase) to regulate the expression of genes important in producing terpenoids important to be used in the plant.