شناسايي و رديابي اختصاصي Phytopthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica با واكنش زنجيره اي پليمراز

گونه­هاي Phytophthora drechsleri، P. cryptogea و P. erythroseptica بيمارگرهاي گياهي اُاُميستي خويشاوندند و از نظر ريخت­شناختي به يك­ديگر شباهت دارند. براي تمايز اين آرايه­ها از يك­ديگر و از ساير گونه­هايي كه صفات ريخت­شناختي همگرا دارند، شيوه­اي بر اساس واكنش زنجيره­اي پليمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدين منظور مجموعه­اي از جدايه­ها مربوط به ميزبان­هاي مختلف، كه نماينده­ي تنوع موجود در ژن­هاي هسته­اي و ميتوكندريايي اين گونه­ها بودند، بررسي شد. بر اساس توالي­ فواصل ترانويسي شده­ي داخلي (آي­تي­اِس) و زيرواحد 1 سيتوكروم اكسيداز سي، شش عدد آغازگرِ واكنش زنجيره­اي پليمراز اختصاصي براي P. drechsleriو همچنين بر اساس زيرواحد 1 سيتوكروم اكسيداز سي سه عدد آغازگر اختصاصي براي P. cryptogea و P. erythrosepticaطراحي و واسنجي شد. واكاوي­ها نشان داد كه بهترين نامزد براي شناسايي جدايه­هاي P. drechsleriمجموعه­ي ITS-DF2 و ITS-DR2 بود كه محصولي 567 جفت بازي را فزون­سازي مي­كرد. استفاده از آغازگرهاي COX-CF1 و COX-CR2 بهترين مجموعه براي تمايز P. cryptogea/P. erythroseptica از ساير گونه­ها بود و موجب فزون­سازي قطعه­اي 415 جفت­بازي شد. واكاوي نقشه­ي آنزيم­هاي برشي اين دو گونه نشان داد كه جايگاه آنزيم برشي غيرپاليندرومي Mnl I در فزونه­ي جدايه­هاي P. erythroseptica منحصر به فرد است و از آن مي­توان براي تمايز اين گونه از P. cryptogea استفاده كرد. نتايج اين مطالعه نشان داد كه استفاده از واكنش زنجيره­اي تودرتو براي رديابي اين گونه­ها حداقل 100 برابر حساس­تر از روش سنتي است.