بهينه‌سازي روش استخراجRNA از بافت پوست شاخه درختان خانواده مخروطيان

Optimization of RNA extraction protocol for trees bark tissue of coniferous family

فرآیند استخراج RNA از بافت­های سخت چوبی و به­طور خاص درختان خانواده مخروطیان به‎دلیل داشتن غلظت­های بالایی از تركیبات فنولیك، پلی­ساكاریدها، متابولیت­های ثانویه و لیگنین، بسیار مشكل است و تا به‎حال هیچ­گونه كیت تجاری برای این منظور ساخته نشده است. در این مطالعه مشكلات فوق برطرف گردیده و روشی سریع، ساده و اقتصادی برای استخراج RNA از بافت ساقه گونه‌های Cedrus deodara و Abies grandis كه هر دو از خانواده مخروطیان می­باشند، ارائه شده است. نسبت جذب نوری در طول موج‌های 260 به 280 و 260 به 230 نانومتر، به‎ترتیب 88/1 و 1/1 برای گونه  Cedrus deodara و 8/1 و 9/0 برای گونه Abies grandis به‎دست آمد. تغییرات صورت گرفته در جهت بهینه‌سازی استخراج RNA نیز شامل استفاده از تیمار پیش‌گرما روی بافر استخراج، كاهش دور سانتریفیوژ حذف آلودگی DNA و حذف DEPC می‌باشد. ساخت cDNA با استفاده از RNA استخراج شده با موفقیت انجام و واكنش RT-PCR باندهای مورد انتظار را تولید نمود. لذا به­نظر می­رسد این روش برای استخراج RNA از بافت­های چوبی مناسب است.

     RNA extraction from hard wood tissues, especially in coniferous family trees, is very hard because they have high concentrations of phenolic compounds, polysaccharides, secondary metabolites and lignin. Moreover, up to now, no commercial kit is made for the mentioned purpose. In this study, the problems were resolved and a rapid, simple, and economic protocol is presented for RNA extraction from bark tissue of Cedrus deodara and Abies grandis, which belong to conifer family. Ratios of optical density of  260/280 nm and 260/230 nm were respectively obtained as 1.88 and 1.1 for Cedrus deodara and 1.8 and 0.9 for Abies grandis. Modifications for optimization of RNA extraction were preheating treatment of extraction buffer, and decreasing centrifuge rounds to eliminate DNA contaminations and DEPC. Synthesis of cDNA was performed using extracted RNA. RT-PCR successfully produced expected bands. Therefore, it seems that the presented protocol is suitable for RNA extraction from woody tissues.