بررسي تنوع ژنتيكي ماركر rs4898352 در ناحيه ژني F8 به عنوان يك ماركر گويا در مطالعه بيماري هموفيلي A در جمعيت اصفهان

Analysis of Genetic Variation of rs4898352 Marker in F8 Gene Region as a Highly Informative Marker for Stidy of Hemophilia A in the Isfahanian Population

زمينه و هدف: هموفيلي A يك اختلال خون‌ريزي دهنده وابسته به جنس مغلوب است كه به علت جهش‌هاي گوناگون در ژن فاكتور 8 كه پروتيين انعقادي فاكتور 8 را كد مي‌كند، رخ مي‌دهد. با توجه به درجه بالاي هتروژني جهش‌ها، بزرگي اندازه (kb186) و پيچيدگي ساختار ژن فاكتور 8، آناليز مستقيم جهش‌ها پرهزينه و زمان‌بر است. بنابراين آناليز پيوستگي با استفاده از ماركرهاي پلي‌مورفيسم اطلاع دهنده مانند ماركرهاي پلي مورفيسم تك نوكليوتيدي (SNP)، به عنوان روشي سريع و مقرون به صرفه براي تشخيص حاملين هموفيلي A در خانواده‌هاي بيمار معرفي شده است. ماركرهاي چند شكلي تك نوكليوتيدي متعددي در ناحيه ژني F8 گزارش شده است. مواد و روش‌ها: در اين مطالعه تجربي، خصوصيـات و هم‌چنين اطلاع دهندگـي ماركر A/T SNP (rs4898352) واقع در اينترون 18 ناحيه ژني F8 در جمعيت اصفهان مـورد مطالعه قرار گرفت. تعيين ژنوتيپ ماركر rs4898352 با استفاده از تكنيك tetra primer ARMS PCR و به دنبال آن الكتروفورز با ژل آگارز در 140 زن سـالم غيرخويشـاوند در جمعيـت مزبور انجام شد. آغازگرهاي جديد با استفاده از نرم افزار اليگو 7 براي ماركر rs4898352 طراحي شدند. براي تعيين ميزان فراواني آللي، درجه هتروزيگوسيتي و تعادل هاردي-وينبرگ از نرم افزار GenePop و براي تخمين مقدار فاكتور ظرفيت اطلاعاتي پلي مورفيسم (PIC) از نرم افزار Powermarker استفاده شد. يافته‌ها: نتايج نشان دادندكه فراواني آللي پلي‌مورفيسم rs4898352 براي آلل A و T به ترتيب 482/0 و 518/ مي‌باشد. ميزان هتروزيگوسيتي مشاهده شده 60 درصد بود و مشخص شد كه جمعيت اصفهان براي ماركر rs4898352 در تعادل هاردي-وينبرگ مي‌باشد(05/0p > ). به علاوه، بررسي مقدار PIC ماركر مزبور حاكي از اطلاع دهندگي شديد آن در جمعيت اصفهان مي‌باشد. نتيجه‌گيري: به طور كلي، داده‌ها نشان دادند كه ماركر rs4898352 را مي‌توان به عنوان يك ماركر آگاهي‌دهنده در بررسي مولكولي بيماري هموفيلي A در جمعيت اصفهان معرفي كرد.

Background: Hemophilia A is an X-linked bleeding disorder caused by heterogenous mutations in factor VIII gene that encodes coagulation factor VIII (F8) protein. Due to the high heterogeneity of mutations, large size (186 kb) and structural complexity of the F8 gene, direct mutation analysis is costly and time consuming. Alternatively, linkage analysis using informative polymorphic markers such as single nucleotide polymorphism (SNP) markers has been introduced as a rapid and cost effective method for hemophilia A carrier detection in families with an affected individual. Several SNP markers associated with the F8 gene region have been studied. Materials and Methods: In this exprimental study, the characteristics of A/T SNP (rs4898352) as an informative marker located in intron 18 of F8 gene region was investigated in Isfahanin population. rs4898352 marker was genotyped using tetra primer ARMS PCR method followed by agarose gel electrophoresis in 140 unrelated control healthy females in mentioned population. New primers were designed for rs4898352 marker using the oligo 7 software. The allele frequency, degree of heterozygosity and Hardy-Weinberg equilibrium were estimated by use of Genepop program. The polymorphism information content (PIC) value was estimated using the Powermarker software. Results: The results showed that the allele frequency of rs4898352 polymorphism for A and T alleles was 0.482 and 0.518, respectively. The observed heterozigosity rate was 60%. Analysis of Hardy-Weinberg Equilibrium demonstrated that the Isfahan population was in equilibrium (p > 0.05) for rs4898352 marker. Moreover, analysis of PIC value revealed that this marker could be considered as a highly informative marker in the mentioned population. Conclusion: Together, the data suggested that rs4898352 could be introduced as an informative marker for molecular diagnosis of hemophilia A in Isfahan Population.