شماره ركورد :
914398
عنوان مقاله :
پيش‌بيني برهمكنش بين تركيبات موجود در بره‌موم زنبور عسل و بخش آنتي‌ژن حفاظت‌كننده موجود در سم سياه زخم با استفاده از نرم‌افزارهاي بيوانفورماتيك
عنوان فرعي :
Forecasting of interaction between bee propolis and protective antigenic domain in anthrax using the software and bioinformatics web servers
پديد آورندگان :
محمدي، الميرا نويسنده , , گوانجی، شاهین نويسنده Young Researchers and Elite Club, Isfahan (Khorasgan) Branch, Islamic Azad University, Isfahan, Iran. Gavanji, Shahin , خزیمه، فائزه نويسنده Dental Research Center, Department of oral Medicine, School of Dentistry, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. Khozimeh, Faezeh , گلستان‌نژاد، زهرا نويسنده Dental Research Center, Department of oral Medicine, School of Dentistry, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. Golestannejad, Zahra , گلستان‌نژاد، محمدرضا نويسنده Department of Orthopedic, Isa Ben Maryam Hospital, School of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iran. Golestannejad, Mohammadreza , بخشی، مهین نويسنده Department of Oral and Maxillofacial Medicine, School of Dentistry, Shahid Beheshti University of Medical Sciences, Tehran, Iran. Bakhshi, Mahin , يوسف شاهي، هژير نويسنده دانشگاه علوم پزشكي اصفهان,ايران Yousef Shahi, H , دوست محمدی، محسن نويسنده Young Researchers and Elite Club, Isfahan (Khorasgan) Branch, Islamic Azad University, Isfahan, Iran. Doostmohammadi, Mohsen
اطلاعات موجودي :
ماهنامه سال 1395 شماره 0
رتبه نشريه :
علمي پژوهشي
تعداد صفحه :
8
از صفحه :
715
تا صفحه :
722
كليدواژه :
anthrax toxin , Caffeic acid , Molecular interaction , Propolis , آنتي‌ژن حفاظت‌كننده , بره‌موم , برهمكنش مولكولي , سم سياه زخم , كافئيك اسيد , Protective antigen
چكيده فارسي :
زمینه و هدف: آنتی‌ژن حفاظت‌كننده از بخش‌های ساختاری در یكی در سم سیاه زخم می‌باشد و پس از تاثیر سم برگیرنده سلولی، نقش مهمی در بیماری‌زایی سم ایفا می‌كند. هدف از این مطالعه بررسی برهمكنش بیوانفورماتیكی آنتی‌ژن حفاظت‌كننده سیاه زخم و چهار تركیب مهم موجود در بره‌موم زنبور عسل شامل كافئیك اسید، ﺑﻨﺰﯾﻞ كافئات، سینامیك اسید و كامپفرول با استفاده از نرم‌افزارها و وبگاه‌های بیوانفورماتیكی بود. روش بررسی: این پژوهش با استفاده از الگوریتم‌های مختلف موجود در پایگاه‌های بیوانفورماتیكی در سال 1393 در دانشگاه علوم پزشكی اصفهان و دانشگاه آزاد اسلامی واحد خوراسگان انجام گرفت. برهمكنش گیرنده با هر كدام از لیگاندها، با استفاده از وب سرورهای SwissDock (http://www.swissdock.ch/) و BSP-SLIM (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM/) به‌دست آمد. نتایج داكینگ (Docking) به‌صورت عدد بر حسب كیلوكالری بر مول (kcal/mol) مشخص شد. یافته‌ها: بررسی برهمكنش تركیبات موجود در بره‌موم و آنتی‌ژن خفاظت‌كننده با استفاده از سرور BSP-SLIM  نشان داد كه بیشترین برهمكنش به‌ترتیب مربوط به تركیبات كافئیك اسید، ﺑﻨﺰﯾﻞ كافئات، سینامیك اسید و كامپفرول بود. نتایج مربوط به برهمكنش لیگاندهای مورد نظر و آنتی‌ژن حفاظت‌كننده با استفاده از سرور SwissDock  نشان داد كه تركیب كافئیك اسید، ΔG برابر با kcal/mol 10/9 و FullFitness برابر با kcal/mol 16/993 داشت. بررسی و تحلیل برهمكنش لیگاندها با آمینواسیدهای وآنتی‌ژن حفاظت‌كننده نشان داد كه بیشترین برهمكنش در تركیب كافئیك اسید مربوط به اسید آمینه گلوتامیك اسید 117 با انرژی برابر با kcal/mol 5429/15 بود. نتیجه‌گیری: گلوتامیك اسید 117 در اتصال آنتی‌ژن حفاظت‌كننده و گیرنده سلولی آن و در پی آن بیماری‌زایی سم تاثیر چشمگیری دارد.
چكيده لاتين :
Background: Protective antigen of anthrax toxin, after touching the cell receptors, plays an important role in the pathogenesis of toxin. The purpose of this study was to investigate the interaction of anthrax toxin protective antigen and four great combination propolis included caffeic acid, benzyl caffeate, cinnamic acid and kaempferol using the softwares and bioinformatics web servers. Methods: Three-dimensional structure of protective antigen (receptor) obtains from Protein Data Bank (PDB). Four of the main components from propolis were selected          as ligand and their 3D-structures were obtained from ChemSpider and ZINC     compound database. The interaction of each ligand and receptor was assessed                   by SwissDock server (http://www.swissdock.ch/) and BSP-SLIM server (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM). Docking results appears with Fullfitness numbers (in kcal/mol). Identification of amino acids involved in ligand and receptor interaction, was performed using the Chimera software; UCSF Chimera program (http://www.cgl.ucsf.edu/). Results: The results of interaction between propolis components and protective antigen by BSP-SLIM server showed that the most interaction was related with benzyl caffeate, caffeic acid, kaempferol and cinnamic acid, respectively. Results for the desired ligand Interaction with protective antigen genes using SwissDock server showed that the caffeic acid had ΔG equals -9.10 kcal/mol and FullFitness equal to -993.16 kcal/mol respectively. The analysis of interaction between ligands with amino-acids of protective antigen indicated that the interaction of Caffeic acid whit Glutamic acid 117 had energy -15.5429 kcal/mol. Conclusion: Finding strong and safe inhibitors for anthrax toxin is very useful method for inhibiting its toxicity to cell. In this study the binding ability of four flavonoids to protective antigen was studied. Glutamic acid 117 is very effective in protective antigen binding and cell receptor and subsequent in virulent of anthrax toxin. Effective interaction of caffeic acid in propolis and glutamic acid 117 can be as useful in preventing the toxic effect on cell. According to our results, all four flavonoids tested in this study have binding activity to protective antigen and are good choices for fighting against anthrax.
سال انتشار :
1395
عنوان نشريه :
مجله دانشكده پزشكي دانشگاه علوم پزشكي تهران
عنوان نشريه :
مجله دانشكده پزشكي دانشگاه علوم پزشكي تهران
اطلاعات موجودي :
ماهنامه با شماره پیاپی 0 سال 1395
كلمات كليدي :
#تست#آزمون###امتحان
لينک به اين مدرک :
بازگشت