بررسي تنوع ژنتيكي جدايه‌هاي ويروس موزاييك زرد كدو بر اساس قسمتي از ژن پروتيين پوششي

Genetic diversity of Zucchini yellow mosaic virus isolates based on the partial coat protein gene

به منظور بررسي آناليز تبارزايي، تنوع ژنتيكي و فشار انتخاب وارد بر ژن پروتيين پوششي جدايه هاي ويروس موزاييك زرد كدو (ZYMV)، هفت جدايه B10، B21، B22، H7، W5، Z3 و Z14 از غرب كشور و از ميزبان هاي متفاوت تعيين توالي شدند و با 64 جدايه قابل دسترس در پايگاه داده هاي نوكليوتيدي مورد مقايسه قرار گرفتند. همريف سازي توالي ها و ترسيم درخت تبارزايي جدايه هاي اين ويروس بر اساس 432 نوكليوتيد از ژن پروتيين پوششي در نرم‌افزار MEGA6 و برآوردهاي تنوع ژنتيكي و فشار انتخاب وارد بر پروتيين پوششي با نرم افزار DnaSP v.5.10.05 انجام شد. نتايج همرديف سازي توالي ها نشان داد كه جدايه هاي اين تحقيق 86-100% با همديگر و 85-99% با ساير جدايه-هاي ايراني تشابه نوكليوتيدي داشتند. در بررسي تبارزايي، جدايه ها در سه گروه مجزا تفكيك شدند كه جدايه‌هاي B10، B21، B22، H7 و Z3 در گروه جدايه‌هاي ايراني و اروپايي و دو جدايه Z14 و W5 در گروهي مجزا همراه با جدايه هاي شرقي قرار گرفتند كه نشاندهنده دو دودمان متفاوت جدايه هاي ZYMV در ايران است. بررسي نوتركيبي با نرم افزار v.4.63 RDP4 حاكي از عدم نوتركيبي در اين بخش از ژنوم بود.

In order to study phylogenetic analysis, genetic diversity and the effect of selection forces on partial coat protein (CP) of Zucchini yellow mosaic virus isolates, seven isolates B10, B21, B22, H7, W5, Z3 and Z14 were collected from several hosts in west of Iran. The sequences of the partial CP gene were compared with 64 isolates retrieved from the GenBank. Phylogenetic tree were constructed based on 432 nucleotides of CP gene in MEGA6 software and estimation of genetic diversity and selection forces were performed in DnaSP v.5.10.05. Sequence analysis revealed that our isolates shared 86-100 % nucleotide identity with each other and 85-99 % with Iranian isolates. In phylogenetic analysis, isolates B10, B21, B22, H7, Z3 were placed into European and Iranian group whereas, W5 and Z14 were placed in distinct group with east isolates. These results indicated the existence of two different lineages of the ZYMV isolates in Iran. No recombination events were detected in this part of ZYMV-CP.