مقايسه نواحي ژني ITS - rDNA و tef1α در بررسي ارتباط تبارزايي بعضي گونه هاي Trichoderma

جنس Trichoderma قارچي تك نيائي است كه بعضي از گونه هاي آن به عنوان عامل كنترل زيستي (بيوكنترل) شناخته مي شوند. در اين بررسي، يازده جدايه از هفت گونه Trichoderma شامل Trichoderma harzianum، T. capillare، T. pleuroticola، T. asperellum، T. koningiopsis، T. brevicompactum و T. virens براي بررسي ارتباط تبارزايي (فيلوژنتيكي) آن ها با يكديگر و با توالي گونه هاي مرجع ثبت شده در بانك ژن و ISTH استفاده شد. توده ميسيليومي رشدكرده در محيط PDB با استفاده از كاغذ صافي گرد آوري و پس از خشك- انجماد كردن، DNA ژنگاني (ژنومي) آن استخراج شد. نواحي ITS-rDNA و اينترون 2، 3 و 4 از tef1α با استفاده از آغازگرهاي عمومي و اختصاصي افزايش و توالي يابي شدند. بررسي تبارزايي با الگوريتم درست نمايي بيشينه و انتخاب مناسب ترين مدل جانشيني نوكلئوتيدي با استفاده از نرم افزار MEGA 6 انجام شد. همه درختان تبارزايي حاصل، كلاد هاي معتبري براي بيشتر جدايه ها توليد كردند كه ارتباط به نسبت يكساني را از آن ها نشان داد. در همه درختان تبارزايي به جز درخت مبتني بر داده هاي حاصل از توالي يابي ناحيه ITS، جدايه هايT. koningiopsis و T. asperellum يك كلاد قاعده اي معتبر ايجاد كردند. نتيجه بررسي تبارزايي كه بر پايه توالي نواحي مختلف tef1α، اينترون 2 و3، اينترون 4 و هر سه اينترون، براي گونه هاي T. brevicompactum، T.virens، T.koningiopsis و T.pleuroticola به دست آمد كلاد هاي معتبرتري نسبت به درخت حاصل از تجزيه توالي هاي ITS نشان داند. تجزيه و تحليل درست نمايي بيشينه كه بر پايه توالي اينترون 4 از tef1α انجام شد، كلادهاي معتبري براي بيشتر جدايه هاي Trichoderma ازجمله T. asperellum ايجاد كرد. اين نتايج تاييد مي كند كه تبارزايي مبتني بر اينترون 4 از tef1α گروه بندي تبارزايي مناسبي براي گونه هاي تريكودرما فراهم مي كند.