شناسايي همزمان ويروس موزاييك خيار و ويروس پژمردگي لكه اي گوجه فرنگي از مزارع گوجه فرنگي و تجزيه و تحليل تبارزايي آنها

Simultaneous identification of Cucumber mosaic virus and Tomato spotted wilt virus from tomato fields and their phylogenetic analysis

ويروس موزاييك خيار (Cucumber mosaic virus (CMV و ويروس پژمردگي لكه اي گوجه فرنگي Tomato spotted wilt virus (TSWV) از ويروس هاي مهم مزارع گوجه فرنگي است. در تحقيق حاضر، 36 نمونه گياهي داراي علايم ويروسي از مزارع گوجه فرنگي در برخي مناطق غرب و شمال غرب كشور جمع آوري شد. جهت رديابي اين دو ويروس، با استفاده از اغازگر شش نوكلئوتيدي تصادفي، يا آغازگر اختصاصي وآر ان اي كل استخراج شده از نمونه هاي گياهي ،cDNA تهيه شد. سپس، آزمون هاي پي سي آر با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي CMV و TSWV به طور جداگانه انجام شد. نتايج حاصل نشان داد در شش نمونه ي مشكوك قطعه 654 جفت بازي مربوط به ژن پروتئين پوششي CMV، و در سه نمونه، قطعه 777 جفت بازي مربوط به ژن نوكلئوكپسيد TSWV تكثير شدند. در ادامه، آلودگي مخلوط نمونه هاي مشكوك با كاربرد همزمان آغازگرهاي اختصاصي اين دو ويروس در آزمون پي سي آر مورد بررسي قرار گرفت. نتايج آزمون پي سي آر بيانگر رديابي و تكثير قطعات مربوط به اين دو ويروس بصورت همزمان در دو نمونه گياهي بود. نمونه هاي داراي آلودگي مخلوط، علائم موزاييك، پيچيده شدن و باريك شدن برگ همراه با زردي و نكروز شديد نشان دادند كه نسبت به علائم هر كدام از اين دو ويروس بصورت جداگانه شديدتر بودند. بررسي روابط فيلوژنتيكي بر اساس توالي اسيد نوكلئيكي و اسيد آمينه اي در يكي از نمونه هايي كه داراي آلودگي مخلوط بود نشان داد جدايه CMV با جدايه هايي از ايران و هند كه از گوجه فرنگي و كدوئيان جدا شده اند در يك خوشه قرار گرفت و جدايه TSWV با جدايه هايي از تركيه، مونتنگرو، ايتاليا هم گروه بود.

Cucumber mosaic virus (CMV) and Tomato spotted wilt virus (TSWV) are important viruses in tomato fields. In this research, 36 tomato plant samples showing viral symptoms were collected from fields in various regions of the west and northwest of Iran. To detect CMV and TSWV, cDNAs were prepared using Random Hexamer primer and total RNAs extracted from the collected samples. The prepared cDNAs and specific primers for CMV-coat protein (CP) gene and TSWV-nucleocapsid (N) gene were used to amplify a part of each virus genome by Polymerase Chain Reaction (PCR), separately. The results revealed that a 654 bp fragment from the CMV-CP and a 777 bp fragment from TSWV-N were amplified from six and three samples, respectively. To detect mixed infection of CMV and TSWV in tomato plants simultaneously, we used their specific primers in a single PCR assay. DNA fragments from both viruses were amplified from two samples. In these plants, more severe symptoms such as deformation, mosaic, chlorosis and necrosis on the leaves were observed and compared to the specific symptoms in plants infected by either CMV or TSWV. Phylogenetic tree of mixed isolates based on nucleic acid and amino acids showed that the isolates of CMV in this research were grouped with isolates from Iran and India whereas TSWV isolates were grouped with isolates from different countries such as Turkey, Italy and Montenegro.