شناسايي محاسباتي فاكتورهاي تنظيمي موثر در بيماري برونشيت عفوني طيور با استفاده از داده هاي RNA-Seq

Computational identification of the regulatory elements involved in infectious bronchitis in chickens by using RNA-Seq data

بيماري برونشيت عفوني يكي از بيماري هاي ويروسي بسيار عفوني و شايع طيور مي باشد. در اين مطالعه به منظور درك بهتر شبكه تنظيمي درگير در بيماري برونشيت عفوني، در ابتدا ژن هاي با بيان بالا و مشابه با استفاده از تجزيه و تحليل داده هاي يك مطالعه RNA-Seq در چهار حالت متفاوت شامل مقايسه ي بافت طحال جوجه هاي مبتلا به برونشيت با جوجه هاي سالم با غلظت پايين سرم مانوز باند شده با لكتين در سن يك هفتگي و سه هفتگي و مقايسه ي بافت طحال جوجه هاي مبتلا به برونشيت با جوجه هاي سالم با غلظت بالاي سرم مانوز باند شده با لكتين در سن يك هفتگي و سه هفتگي شناسايي شد. سپس توالي پروموتري اين ژن ها جهت شناسايي فاكتور هاي رونويسي كانديد درگير در اين مكانسيم استخراج شد. نتايج تجزيه و تحليل پروموتري با استفاده از نرم افزار Genomatix منجر به شناسايي 61 فاكتور رونويسي كانديد جديد احتمالي موثر در مراحل تنظيمي برونشيت عفوني گرديد. افزون بر اين، به منظور مصورسازي شبكه هاي تنظيمي شامل فاكتورهاي رونوويسي كه ژن هاي مورد نظر را تنظيم مي كنند از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. بر اساس نتايج، 61 فاكتور رونويسي كانديد جديد معرفي شده در اين مطالعه داراي پتانسيل مناسبي براي بررسي بيشتر در سطح آزمايشگاهي مي باشند و مي توانند اطلاعات جديدي را در درك بهتر شبكه ي تنظيمي موثر در بيمار برونشيت عفوني طيور فراهم كنند.

Infectious bronchitis is one of the widespread and highly infectious viral disease of poultry. In this study to gain insights into transcriptional regulation of infection bronchitis, at the first high expression genes in infection bronchtis in four different conditions were identified by RNA-Seq data analysis. In this study to gain insights into transcriptional regulation of infection bronchitis, at the first high expression genes in infection bronchitis were identified by RNASeq data analysis in four different conditions including comparison of the spleen chickens with bronchitis versus healthy with low serum concentration of mannose-binding lectin at the age of one and three weeks, comparison of the spleen chickens with bronchitis versus healthy with high serum concentration of mannose-binding lectin at the age of one and three weeks. Then promoter regions of these genes were extracted to identify candidate transcription factors involved in this mechanisms. Promoter analysis by using Genomatix software lead to identify of 61 novel transcription factors candidates activating in infection bronchitis. In this study in order to visualization of regulatory networks containing transcription factors and that regulate the genes, the were used Cytoscape software. According to the results, 61 new candidates transcription factor introduced in this study has good potential for more inestigation in the laboratory level and can provide new information to better understanding of regulatory networks in infectious bronchitis in poultry.