شناسايي miRNA ها و ايزوميرهاي جديد در بافت كبد گاوهاي شيري

تعادل منفي انرژي (NEB) در گاوهاي شيري پرتوليد در چند هفتة نخست پس از زايمان رخ ميدهد و به دليل اثرگذاري منفي بر باروري و سلامتي اهميت اقتصادي زيادي در گلههاي گاو شيري دارد. بنابراين، شناسايي هر چه بهتر سازوكارهاي تنظيمي مؤثر در اين اختلال سوخت وسازي )متابوليكي( اهميت دارد. يكي از عامل هاي تنظيمي مؤثر در NEB ، miRNA ها هستند. به رغم اهميت NEB ، سازوكارهاي تنظيمي مربوط به miRNA ها در اين دوره به خوبي شناخته نشدهاند. در اين بررسي دادههاي miRNA-seq مربوط به بافت كبد هشت گاو شيري هلشتاين موجود در بخش GEO بانك اطلاعاتي NCBI براي شناسايي miRNA ها و ايزوميرهاي جديد تجزيه وتحليل شدند. در مجموع، 211 miRNA جديد كه ژن همتا )همولوگ( در ديگر گونهها داشتند، و 161 miRNA جديد بدون همتا شناسايي شد. بررسي عملكرد ژنهاي هدف miRNA هاي شناسايي شده نشان داد، اين ژنها در مسيرهاي زيستي (بيولوژيكي) مرتبط با NEB نقش دارند. افزون بر اين 116 ايزومير و 11 miRNA* جديد براي نخستين بار در ژنگان (ژنوم) گاو گزارش شد. يافته هاي به دست آمده از اين بررسي اطلاعات جديدي براي درك بهتر نقش تنظيمي miRNA ها در NEB فراهم ميكند.

Negative energy balance (NEB) occurs in high-producing dairy cows in first few weeks after parturition, that energy demand for maintenance and milk production exceeds the dietary energy intake. NEB has a considerable economic importance due to negative effect on health and fertility in dairy herds, therefore, the identification of its effective regulatory mechanism is important. miRNAs are one of these effective regulatory factors in NEB. Despite of the importance of NEB, the regulatory mechanisms related to miRNAs has not been well documented. In this study miRNA-seq data from liver tissue of eight Holstein dairy cows were analyzed to identify new miRNAs and isomirs. All data have been achieved from GEO in NCBI database. A total of 291 new miRNAs with homologous gene in other species were identified. Moreover, 164 new miRNAs without homologous were identified. Investigation of target genes of these miRNAs lead to identify biological paths related to NEB. Also 466 new isomiR and 95 new miRNA* were detected for the first time in cow genome. The results of the current study provide new information for better understanding of the regulatory roles of miRNAs in NEB.