بررسي ساختار ژنتيكي و تجزيه فيلوژنتيكي جمعيت بز خلخالي با استفاده از ژنوم ميتوكندري

Invetigation of genetic structure of Khalkhali goat using mitochondrial genome

گونه‌هاي بومي بخشي از سرمايه‌هاي ملي و ذخاير استرات‍‍‍ژيك هر كشور محسوب شده و به‌دليل كاهش شديد جمعيت آن‌ها شناسايي، حفاظت و تكثير اين نژادها اهميت زيادي دارد. در اين تحقيق ناحيه كنترل ميتوكندريايي (D_LOOP) براي بررسي تنوع ژنتيكي، ساختار فيلوژنتيك و ژنتيك جمعيت بز خلخالي استفاده شد. نمونه‌هاي خوني از 100 بز خلخالي جمع‌آوري شد. نمونه‌هاي DNA با استفاده از كيت استاندارد استخراج و با استفاده از پرايمرهاي اختصاصي تكثير شد. بعد از تعيين ژنوتيپ از طريق تشخيص الگوهاي متفاوت با استفاده از نشانگر SSCP توالي‌يابي شدند. توالي‌هاي مربوط به ديگر گونه‌هاي مزرعه‌اي كه همتراز با توالي‌هاي حاصل شده بودند به‌عنوان توالي برون گروهي از طريق NCBI به‌دست آمد. در 126 توالي به‌دست آمده در حدود 62 جهش و 37 هاپلوتيپ شناسايي شد. تنوع هاپلوتيپي و تنوع نوكلئوتيدي در بين گونه‌ها به‌ترتيب 0/915 و 0/069 بود. و در بز خلخالي به‌ترتيب 0/834 و 0/008 به‌دست آمد كه نشان‌دهنده تنوع ژنتيكي كم در اين نژاد مي‌باشد. نتايج مربوط به مقايسه با ساير نژاد‌هاي بز نشان داد كه جمعيت بز خلخالي جز هاپلو گروه A در بين انواع هاپلو گروه‌هاي شناخته شده در جهان مي‌باشد.

Local species are considered as a part of national capital and strategic recourses. Due to significant decline of their population, identification, preservation and reproduction of local breeds is very important. In this study D-loop region of mtDNA was used for analyzing genetic diversity, phylogenetic and genetics structure of Khalkhali goat population. Blood samples were collected from 100 Khalkhali goats and, genomic DNA was extracted using DNA extracting kit and amplified with specific primers. Then, genotyping were performed using SSCP method and were sequenced through detection of different pattern. mtDNA sequences of other species were collected from NCBI (as outgroups sequences) and analyzed by using bioinformatics software’s. In total 62 mutations were identified in 126 sequences that cause 37 haplotype. Haplotype diversity, nucleotide diversity between species were 0.915 and 0.069 respectively. Genetic diversity and haplotype diversity of Khalkhali goat was 0.008 and 0.834 respectively, which indicated low genetic diversity in this breed. The comparison between khalkhali goat and others haplotypes showed that khalkhali goat were located on Haplogoup A.