تاثير راهبرد هاي مختلف انتخاب حيوانات گروه مرجع بر درستي ارزيابي ژنگاني براي صفات با وراثت پذيري متوسط در جمعيت گاو شيري

Effects of different strategies for selection of animals as reference population on the accuracy of genomic evaluation for moderate heritability traits in dairy cattle

يكي از پرسش هاي مطرح در زمينه ارزيابي ژنگاني (ژنوميك)، تاثيرگذاري يا تاثيرگذار نبودن استفاده از حيوانات برتر به عنوان گروه مرجع، بر درستي ارزش اصلاحي برآوردي كانديداي انتخاب است. در اين تحقيق درستي ارزيابي ژنگاني در شرايطي كه تنها حيوانات برتر در جمعيت مرجع بودند (راهبرد1) با شرايطي كه حيوانات گروه مرجع نمونه اي تصادفي از جمعيت بودند (راهبرد2) و شرايطي كه اين گروه از بين برترين و ضعيف ترين حيوانات انتخاب شده بودند (راهبرد3) مقايسه شد. براي برآورد اثرات نشانگرها از مدل بهترين پيش بيني نااريب خطي استفاده شد. نتايج نشان داد كه به كار بردن تنها حيوانات برتر به عنوان جمعيت مرجع مي تواند باعث كاهش درستي ارزيابي ژنگاني شود. اگر نسبت حيوانات در گروه مرجع كم باشد (به طور مثال 10درصد)، تفاوت بين راهبرد1 و ديگر راهبرد ها بيشتر از شرايطي است كه اين نسبت زياد باشد (به طور مثال 50درصد). به عنوان مثال در شرايطي كه 10درصد حيوانات نسل چهارم (نسل پيش از گروه تاييد) به عنوان جمعيت مرجع استفاده شدند، درستي ارزش هاي اصلاحي برآوردي راهبرد3، 0/34 بيشتر از راهبرد1 بود ولي تفاوت اين دو راهبرد هنگامي كه 50درصد حيوانات در جمعيت مرجع بودند، تنها 0/04 بود. نتايج نشان داد افزون بر حيوانات برتر كه ارزش اصلاحي برآوردي سنتي با درستي بالا دارند، تعيين ژنوتيپ شماري از حيواناتي كه از نظر ژنتيكي برتر نيستند و قرار گرفتن آن ها در جمعيت مرجع، مي تواند باعث افزايش درستي ارزيابي ژنگاني شود.

An important question about genomic evaluation is the effectiveness of using superior animals as reference population، on the accuracy of estimated breeding values of selection candidates. In this research، the accuracy of genomic evaluation is selecting superior animals as reference population (strategy1) was compared to situations in which the animals in reference population were a random sample of population (strategy2) and superior and inferior animals (strategy3). Best linear unbiased prediction method was used to estimate marker effects. The results showed that using only superior animals as reference population would decrease the accuracy of genomic evaluation. If the ratio of animals in the reference group is low (for example 10%) the difference between strategy1 and the other strategies would be more than the situation in which this ratio is high (for example 50%). For example in situation that the generation before validation set (generation four) was used as reference population، the accuracy of strategy1 was about 0.34 lower than strategy3 when 10% of animals were used as reference population but this difference was decreased to 0.04 when 50% of animals were used as reference population. These results showed that genotyping and using some of no superior animals in the reference population، beside to superior animals with high accurate traditional estimated breeding values، could lead to increase in the accuracy of genomic evaluation.