بررسي فيلوژنتيكي جدايه هاي جديد ايراني ويروس بادناي يك انجير بر اساس ترادف ژن پروتيين حركتي

Phylogenetic analysis of new Iranian Fig badnavirus-1 isolates based on their movement protein gene sequence

بيماري موزاييك انجير گسترش جهاني دارد و به عنوان شايع ترين بيماري ويروسي در انجير شناخته مي شود. يكي از مهمترين ويروس هايي كه در اين بيماري نقش دارد، ويروس بادناي يك انجير (FBV-1) مي باشد. در تحقيق حاضر، روابط فيلوژنتيكي بين جدايه هاي ايراني و ساير جدايه هاي گزارش شده از اين ويروس مورد بررسي قرار گرفت. با استفاده از آغازگرهاي اختصاصي ژن رمز كننده پروتيين حركتي ويروس، قطعه ي مورد انتظار به اندازه تقريبي 1090 جفت باز از ژنوم ويروس تكثير شد. قطعه ژني 12 جدايه در پلاسميد pTZ57R/T همسانه و تعيين توالي شد. ترادف هاي به دست آمده با ترادف-هاي موجود در بانك ژن مقايسه و پس از همرديف سازي چندگانه، درخت فيلوژنتيكي بر اساس ژن پروتيين حركتي FBV-1 ترسيم شد. بر اساس آناليز فيلوژنتيكي، جدايه هاي FBV-1 در دو گروه متمايز دسته بندي شدند و جدايه هاي ايراني در دو زيرگروه با 99% مشابهت نوكليوتيدي در گروه اول قرار گرفتند. در بررسي تبارزايي بر مبناي توالي اسيد آمينه اي، جدايه هاي مورد بررسي در سه گروه با 99-98 % مشابهت قرار گرفتند. جدايه هاي ايراني از تنوع ژنتيكي پايين تري در مقايسه با جدايه هاي آمريكايي برخوردار بودند و شرايط جغرافيايي در تنوع ژنتيكي جدايه هاي موجود تاثير داشت.

Fig mosaic disease is considered as the most common fig viral disease, which occurs worldwide. Fig badnavirus-1 (FBV-1) is one of the most important viruses involved in this viral disease. In the present research, phylogenetic relationship between the Iranian and other detected FBV-1 isolates was studied. A genomic fragment with an expected size about 1090 bp was amplified from the movement protein coding region of twelve virus isolates using specific primers. Amplified fragments were cloned in plasmid pTZ57R/T, and sequenced. Obtained sequences were phylogenetically compared with the corresponding isolates available in the GenBank after multiple alignments. The phylogenetic tree was drawn for the FBV-1 isolates based on the movement protein gene sequence. The studied isolates were categorized into two distinct phylogroups in which Iranian isolates were separated into two different subgroups in group I with 99% identity at the nucleotide level. Phylogeny on the basis of the amino acid sequences categorized isolates with 98-99? identity into three different groups. According to the results of this study, it could be concluded that genetic variation between Iranian isolates is less than that of American isolates, and additionally the genetic variation between the isolates is affected by the geographical condition.