طبقه‌بندي مولكولي و تجزيه و تحليل شجره‌اي ژنوتايپ‌هاي 8-LPS1 جدايه‌هاي پاستورلا مولتوسيداي طيوري در ايران با استفاده از روش LPS- PCR typing

Molecular typing and phylogenic analysis of the LPS1-8 genotypes of Pasteurella multocida isolates from poultry by LPS- PCR typing method

پاستورلا مولتوسیدا یك پاتوژن گرم منفی و مهم در دامپزشكی می‌باشدكه براساس آنتی‌ژن پلی ساكاریدی به 16 سروتایپ با استفاده از روش ژل دیفیوژن تقسیم می‌شود. در این مطالعه روشLPS PCR typing برای تایپینگ مولكولی وآنالیز فیلوژنیك ژنوتایپ‌های 8 - LPS1 جدایه‌های پاستورلا مولتوسیدا از طیور ایران به كار گرفته شد. در این مطالعه 30 جدایه طیوری پاستورلا مولتوسیدا در محیط كشت اختصاصی (BHI) كشت داده شده و DNA ژنومی آن‌ها به روش جوشاندن استخراج گردید. شناسایی به روش بیوشیمیایی و مولكولی انجام گردید. ژنوتایپینگ لیپوپلی ساكاریدی به روش LPS-PCR و با استفاده از پرایمرهای اختصاصی انجام شد. محصولات PCR از هر یك از ژنوتایپ‌ها تعیین سكانس شده و ارتباط آن‌ها با توالی‌های موجود در Gen bank مقایسه گردید. تمام ایزوله‌های مورد بررسی با روش LPS -PCR قابل تیپ‌بندی بودند. از بین جدایه‌ها، 18جدایه دارای ژنوتیپ L1 (60 درصد) و4جدایه دارای ژنوتیپ L2 (33/13 درصد) و 5 جدایه دارای ژنوتیپ L3 (66/16 درصد) و2جدایه دارای هرسه ژنوتیپ L1,L2,L3 (66/6 درصد) و 1جدایه دارای دو ژنوتیپ L2,L3 (33/3 درصد) بودند. هیچكدام ایزوله‌ای با ژنوتیپ‌های دیگر شناسایی نشدند ژنوتیپ‌های L4-L8 در بین جدایه‌های مطالعه شده شناسایی نشدند. در مقایسه نتایج توالی نوكلئوتیدی جدایه‌های بومی ایران با جدایه‌های موجود در Genbank اختلافات قابل توجه وجود داشت.روش LPS PCR typing نشان داد كه سه ژنوتیپ L1, L2 و L3 پاستورلا مولتوسیدا در جدایه‌های بومی ایران حضور دارند. این تحقیق نشان داد كه روش LPS- PCR یك سیستم تایپینگ مناسب برای افتراق بین جدایه‌های پاستورلا مولتوسیدا می‌باشد.

Pasteurella multocida is a gram-negative bacteria of veterinary importance which has divided into 16 somatic or lipopolysaccharide (LPS) serovars using an agar gel diffusion precipitation test. In this study LPS PCR typing method was used for molecular typing and phylogenic analysis of the LPS1-8 genotypes of P. multocida isolates from poultry in Iran.In this study 30 isolates P. multocida were cultured on BHI medium, genomic DNA was extracted by boiling method, strains were identified by biochemical and molecular methods. LPS genotyping were typed using the LPS -PCR and Specific Primers, products were sequenced and compared with the GenBank sequences. All of the isolates were typed using the LPS PCR typing . 60% of isolates contained LPS1, 13.4% LPS2, 16.6% LPS3, 6/66% L1, L2, L3, 3/33% L2, L3. None of the other genotypes (L4-L8) were detected among the isolates. There were found considerable differences of nucleotide LPS genes of Iranian isolates and the related sequences in the GenBank. LPS- PCR typing showed that three LPS genotypes of L1, L2 and L3 were present among Iranian P. multocida isolates. This study showed that LPS- PCR typing was a suitable typing method for differentiating among avian P. multocida isolates based on LPS genotypes.