شناسايي محاسباتي فاكتورهاي تنظيمي مؤثر در بيماري برونشيت عفوني طيور با استفاده از داده‌هاي RNA-Seq

Computational identification of the regulatory elements involved in infectious bronchitis in chickens by using RNA-Seq data

بیماری برونشیت عفونی یكی از بیماری‌های ویروسی بسیار عفونی و شایع طیور می‌باشد. در این مطالعه به منظور درك بهتر شبكه تنظیمی درگیر در بیماری برونشیت عفونی، در ابتدا ژن های با بیان بالا و مشابه با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های یك مطالعه RNA-Seq در چهار حالت متفاوت شامل مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت پایین سرم مانوز باند شده با لكتین در سن یك هفتگی و سه هفتگی و مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت بالای سرم مانوز باند شده با لكتین در سن یك هفتگی و سه هفتگی شناسایی شد. سپس توالی پروموتری این ژن‌ها جهت شناسایی فاكتور‌های رونویسی كاندید درگیر در این مكانسیم استخراج شد. نتایج تجزیه و تحلیل پروموتری با استفاده از نرم‌افزار Genomatix منجر به شناسایی 61 فاكتور رونویسی كاندید جدید احتمالی مؤثر در مراحل تنظیمی برونشیت عفونی گردید. افزون بر این، به منظور مصورسازی شبكه‌های تنظیمی شامل فاكتورهای رونوویسی كه ژن‌های مورد نظر را تنظیم می‌كنند از نرم‌افزار Cytoscape استفاده شد. بر اساس نتایج، 61 فاكتور رونویسی كاندید جدید معرفی شده در این مطالعه دارای پتانسیل مناسبی برای بررسی بیشتر در سطح آزمایشگاهی می‌باشند و می‌توانند اطلاعات جدیدی را در درك بهتر شبكه‌ی تنظیمی مؤثر در بیمار برونشیت عفونی طیور فراهم كنند.

Infectious bronchitis is one of the widespread and highly infectious viral disease of poultry. In this study to gain insights into transcriptional regulation of infection bronchitis, at the first high expression genes in infection bronchtis in four different conditions were identified by RNA-Seq data analysis. In this study to gain insights into transcriptional regulation of infection bronchitis, at the first high expression genes in infection bronchitis were identified by RNA-Seq data analysis in four different conditions including comparison of the spleen chickens with bronchitis versus healthy with low serum concentration of mannose-binding lectin at the age of one and three weeks, comparison of the spleen chickens with bronchitis versus healthy with high serum concentration of mannose-binding lectin at the age of one and three weeks. Then promoter regions of these genes were extracted to identify candidate transcription factors involved in this mechanisms. Promoter analysis by using Genomatix software lead to identify of 61 novel transcription factors candidates activating in infection bronchitis. In this study in order to visualization of regulatory networks containing transcription factors and that regulate the genes, the were used Cytoscape software. According to the results, 61 new candidates transcription factor introduced in this study has good potential for more inestigation in the laboratory level and can provide new information to better understanding of regulatory networks in infectious bronchitis in poultry.