تعيين ويژگي‌هاي مولكولي سه جدايه ويروس زردي بافت مرده‌ي باقلا به دست آمده از نخود در ايران

Molecular characterization of three Faba bean necrotic yellows virus (FBNYV) isolates, originated from chickpea in Iran

زردی از علائم شایع در مزارع نخود در دنیا و ایران می باشد. ویروس زردی بافت مرده‌ باقلا (Faba bean necrotic yellows virus, FBNYV) از جنس Nanovirus، تیره Nanoviridae، از عوامل ویروسی همراه با عارضه زردی می باشد. در سال‌های 1395-1394 نمونه‌های نخود با علائم زردی از استان‌‌های لرستان و كرمانشاه جمع آوری و پس از استخراج دی‌ان‌ا، آلودگی به نانو ویروس با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی در آنها ردیابی گردید. دی‌ان‌ا نمونه‌هــای آلــوده از طریق روش دایره غلطان (RCA) تغلیظ و با انجام هضم آنزیمی محصول (RCA) توسط آنزیم برشی Aat II، قطعات مختلف ژنومی ویروس با اندازه حدود یك كیلو جفت باز جداسازی گردید. قطعه ژنومی با اسامیDNA-R, DNA-S, DNA-C, DNA-N, DNA-M, DNA-U1 DNA-U2 و DNA-U4 با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصیFBNYV، تكثیر و تعیین ترادف گردید. مقایسه ترادف قطعات 8 گانه در سه جدایه ایرانی FBNYV با ترادف‌های موجود در بانك ژن GenBank نشانگر شباهت زیـاد جـدایه‌های ایرانی با دو جدایه FBNYV-[AZ; 12] و  FBNYV-[AZ; 13.5] از آذربایجان بود. درخت تبارزایی‌های رسم شده برای قطعات DNA-S, C, U1 نشانگر شباهت زیاد آنها با قطعات مشابه در جدایه آذربایجان FBNYV-[AZ;12] و در گروه مستقل (II) از سایر جدایه‌های دنیا قرار گرفتند. ترادف قطعات DNA-R,M,N,U2,U4 جدایه‌های ایرانی با جدایه دیگری از آذربایجان FBNYV-[AZ;13.5] بسیار شباهت داشته و در گروه مستقل (I) قرار گرفتند. تفاوت ژنتیكی بین دو جدایه آذربایجان در بین جدایه‌های ایرانی نیز مشاهده شد. نتایج بدست آمده فرضیه وقوع نوجوری بین جدایه‌های ایران و آذربایجان را حمایت می‌كند.

Yellowing is one of the most prevalent symptoms in chickpea fields, worldwide and Iran. Faba bean necrotic yellows virus (FBNYV, genus Nanovirus, family Nanoviridae) is associated with the yellowing symptoms in the chickpea fields. During the survey of the Lorestan and Kermanshah provinces in May 2015-2016, chickpea plants showing yellowing symptoms were collected and total DNAs were extracted. The samples were checked for nanovirus infection by PCR, using nanovirus-specific degenerate primers. Total DNA preparations from the nanovirus-positive samples were used for RCA, using φ29 polymerase and restriction endonuclease Aat II digests yielding products of ~1kb corresponding to linearized nanovirus DNA components. FBNYV genomic components were amplified using RCA products and specific primers of eight different U1, M, N, C, S, R, U2, and U4 components. The amplified fragments were purified and sequenced. Nucleotide sequences of the eight different components of three Iranian isolates of FBNYV (Lor-28, Lor-1, and Ker-21) were compared with FBNYV sequences in GenBank. Sequence comparison indicated that Iranian isolates of FBNYV are most similar to Azerbaijan isolates of FBNYV: FBNYV-[AZ; 12], and FBNYV-[AZ; 13.5]. Phylogenetic analyses of nucleotide and deduced amino acid sequences of DNA-S, C, and U1 revealed that Iranian FBNYV isolates clustered with Azerbaijan isolate FBNYV-[AZ;12 ](group II), while DNA-R, DNA-M, DNA-N, DNA-U2, and DNA-U4 clustered with FBNYV-[AZ; 13.5], (group I). Considering the genomic differences between two Azerbaijan isolates, which can be expected among Iranian isolates. These results may provide evidence of the reassortment occurrence among Iranian and Azerbaijan FBNYV isolates.