پلي اتيلن گليكول 200؛ روشي سريع و ارزان براي استخراج DNA از باكتري هاي گرم‌ مثبت و گرم‌ منفي

Polyethylene Glycol 200; a Rapid and Inexpensive Method for DNA Extraction from Gram Positive and Gram Negative Bacteria

به‌طور كلي استخراج DNA از باكتريهاي گرم‌مثبت بسيار مشكل و پرهزينه است. هدف از اين مطالعه استفاده از پلي اتيلن گليكول 200 به منظور استخراج DNA از باكتري گرم‌مثبت لاكتوباسيلوس اسيدوفيلوس و باكتري گرم‌منفي سودوموناس آئروژينوزا و انجام PCR روي آنها به منظور جست‌وجو به ترتيب براي ژن هاي Lacto و ExoA بود. مواد و روشها: در اين مطالعه سويه استاندارد باكتري گرم‌مثبت لاكتوباسيلوس اسيدوفيلوس و باكتري گرم‌منفي سودوموناس آئروژينوزا به ترتيب بر روي محيط كشت MRS آگار و مولرهينتون آگار كشت داده شدند. سپس كلوني باكتري در بافر TE حل شد و با استفاده از PEG 200 استخراج DNA انجام شد. واكنش PCR بر روي ژنهاي Lacto (اختصاصي لاكتوباسيلوس اسيدوفيلوس) و ExoA (سودوموناس آئروژينوزا) اختصاصي هر ارگانيسم انجام شد. يافته ها: PCR روي ژن هاي انتخاب‌شده براي هر اُرگانيسم انجام و وجود ژنهاي Lacto با اندازه 231bp براي سويه استاندارد لاكتوباسيلوس اسيدوفيلوس و سويه لاكتوباسيلوس اسيدوفيلوس جداشده از لبنيات و ExoA با اندازه 396bp براي سويه استاندارد سودوموناس آئروژينوزا و سويه هاي باليني سودوموناس آئروژينوزا روي ژل آگارز مشاهده شد. نتيجه گيري: از آنجايي كه استخراج DNA از باكتريهاي گرم‌مثبت به دليل داشتن ديواره بسيار محكم مشكل است، استفاده از PEG 200 ميتواند روش بسيار مناسب، مقرون به‌صرفه و بسيار سريع و در دسترس براي استخراج DNA از باكتريهاي گرم‌مثبت باشد. علاوه بر اين، با استفاده از اين روش ميتوان به آساني DNA باكتريهاي گرم‌منفي و قارچها را نيز استخراج نمود.

In general, DNA extraction from the gram-positive bacteria is too hard and expensive. The aim of this study was to utilize Polyethylene Glycol 200 in order to extract DNA from Lactobacillus acidophilus gram-positive bacteria and Pseudomonas aeruginosa gram-negative bacteria, as well as PCR conducting on them to search Lacto and ExoA genes, respectively. Materials & Methods: Standard strains of Lactobacillus acidophilus gram-positive bacteria and Pseudomonas aeruginosa gram-negative bacteria were cultured on MRS and Mueller-Hinton agar, respectively. Then, the bacteria colony was dissolved in TE buffer and DNA was extracted using PEG 200. PCR reactions were done on the specific Lacto and ExoA genes of each organism. Findings: PCR was done on the selected genes for each organism; and bp231 Lacto genes were detected for the standard strain of Lactobacillus acidophilus and the strain of Lactobacillus acidophilus separated from the dairy. In addition, bp396 ExoA genes were detected for the standard strain of Pseudomonas aeruginosa and the clinical strains of Pseudomonas aeruginosa on agarose gel. Conclusion: Since DNA extraction from gram-positive bacteria is too hard due their very strong walls, PEG 200 might be a very proper, affordable, quick, and available method to extract DNA from the gram-positive bacteria. In addition, DNA of gram-negative bacteria and fungi can simply be extracted through the method.