شناسايي، توالي‌يابي و تعيين پروتئين استنباطي ژن هم‌ساخت APETALA1 (AP1) درخردل سياه (Brassica nigra)

Identification, sequencing and determination of deduce protein APETALA1 (AP1) homologous gene in Brassica nigra

گذر به ‌گل‌دهي يك تغيير فاز بزرگ در چرخه‌ي زندگي گياهان است. ژن APETALA1 در پيش‌برد مرحله‌ گذر ونيز تعيين هويت مريستم گل نقش ايفا مي‌كند. اين پژوهش با هدف طراحي پرايمر، استخراج، شناسايي و تعيين توالي اين ژن در گياه خردل سياه (Brassica nigra)انجام شد. RNA كل از گل‌هاي بالغ استخراج و براي ساخت cDNA استفاده گرديد. آغازگرهاي اختصاصي بر اساس توالي ژن‌هاي هم‌ساخت AP1 در گياهان هم خانواده در سايت NCBI طراحي و در واكنش RT-PCR استفاده گرديد. محصول اين واكنش پس از خالص سازي تعيين توالي‌ شد. نتايج نشان دهنده‌ي تكثير قطعه‌ي مورد نظر از ژن به طول 618 نوكلئوتيد بود كه BniAP1 نام‌گذاري شد و در پايگاه NCBI ثبت گرديد. مقايسه‌ي توالي پروتئين استنباطي BniAP1 با ساير هم‌ساخت‌هاي AP1 نشان دهنده‌ي شباهت بين 60 تا 91 درصدي اين توالي با توالي‌هاي مشابه بود و اين قطعه داراي 206 آمينواسيد است. مطابق با اين نتايج مي‌توان پيشنهاد داد كه BniAP1 نيز به عنوان هومولوگ AP1 در گذر به گل‌دهي نقش دارد و مي‌تواند به عنوان ژن تعيين هويت مريستم گل عمل كند.

The transition to flowering is an important step of plant life cycle. APETALA1 geneplays a role in promoting the floral transition and also determining flower meristem identity. This study aimed to conduct primers design, extraction, identification and sequencing of this gene in Brassica nigra. Total RNA was isolated from mature flowers of Brassica nigra and used for first-strand cDNA synthesis. The specific primers were designed based on nucleotide sequence alignment of AP1 homologus genes from other plants and used in RT-PCR. The RT-PCR product were purified and sequenced. The results indicated amplification of 618 nucleotides fragment that named BniAP1 and record in NCBI database. Deduce protein obtained from sequenced fragment of AP1 consists of 206 amino acids. Comparison of the deduce protein sequence with AP1 homologous proteins from other species showed 60% to 91% identity. According to these results, BniAP1 may play a similar role as AP1 in transition to floweringand could act as a flower meristem identity gene in Brassica nigra.