بررسي و تعيين ساختار ژنتيكي جمعيت آرتمياي بكرزاي درياچه اينچه با استفاده از روش PCR-RFLP

Investigation and determination of population structure of parthenogenetic artemia (Bowen and Sterling, 1978) in the Inche Lake using PCR-RFLP

به منظور تعيين ساختار ژنتيكي جمعيت آرتمياي درياچه اينچه در استان گلستان، نمونه برداري از آرتمياي پارتنوژنتيك سه منطقه شمالي ، مياني و جنوبي) با تهيه 66 نمونه از درياچه انجام گرديد، سپس استخراج DNA به روش فنل - كلروفرم صورت گرفته و تنوع ژنتيكي آرتميا در مناطق ياد شده با استفاده از قطعه اي از ژن COI ميتوكندري مورد بررسي قرار گرفت. ژن فوق با استفاده از پرايمر هاي طراحي شده بر اساس توالي قطعاتي از ژن COI ميتوكندري به وسيله دستگاه ترموسايكلر تكثير و سپس محصول PCR با اندازه 720 جفت باز توسط 10 آنزيم محدود گر , Ahl , EcoRI , Eco47I , HaeIII , HindIII HinfI , Mbol , Mspl , Rsal , Taql هضم گرديد. از اين ميان سه آنزيم برشگر Rsal AIUI و HaeIII تنوع چند شكلي را نشان دادند. آناليز RFLP محصول تكثير شده ژن COI ، در مجموع 9 هاپلو تيپ متفاوت در بين آرتمياي مناطق مختلف را مشخص نمود. ميزان تنوع هاپلو تيپي درون جمعيتي مناطق شمالي، مياني و جنوبي درياچه اينچه به ترتيب 0 / 0110 + 0 / 580 و 0 / 114 0 / 588 و 0 / 105 + 1 / 571 بود. تنوع نوكلئوتيدي در درون جمعيت مناطق شمالي، مياني و جنوبي درياچه اينچه به ترتيب 0 / 024 و 0 / 025 و 0 / 015(ميانگين 0 / 0000111 + 0 / 021) محاسبه گرديد. همچنين ميزان تنوع نوكلئوتيدي بين اين سه جمعيت 0 / 0233 و اختلاف نوكلئوتيدي بين سه جمعيت 0 / 0016 محاسبه شد. ميزان X2( فراواني هاپلوتيپ ها) در ميان مناطق مختلف درياچه اينچه 23 / 75 = X2 بوده و آناليز آماري شبيه سازي شده Monte Carlo با هزار بار تكرار محاسبه، برابر با 0 / 0570 / 007 = X2 به دست آمد كه اختلاف معني داري را در فراواني هاپلو تيپ هاي اين سه منطقه مورد بررسي نشان نداد. در نتيجه جمعيتهاي موجود در مناطق مختلف اين درياچه همگي يك جمعيت واحد مي باشند.

In order to determine the population structure of artemia in the Inche Lake in the Golestan Province sampling was carried out in three regions of the Lake. Northern, middle and south ern parts of the Lake were the sampling locations. 66 specimens were collected from the sampling sites. mtDNA was extracted by phenol-chloroform method. Genetic variation investigated using COI gene segment. COI segment then was amplified with primers. PCR product with 720bp was digested with 10 restriction enzymes namely as: RsaI, MspI, MboI, HinfI, HindIII, HaeIII, Eco471, EcoRI, AluI, TaqI. Three out of 10 Enzymes (HaeIII, RsaI, and AluI) could demonstrate the polymorphism. RFLP analysis shows 9 different haplotypes of the samples. Haplotype variation among the samples collected from the north, middle, and south part of the Lake was 0.580±0.0110, 0.588±0.114, 0.571±0.105 respectively. Nucleotide variation among the samples collected from the north, middle, and south part of the Lake was 0.024, 0.025, and 0.015 respectively with 0.021±0.0000111 as average. Also the nucleotide variation between the samples collected from the north, middle, and south part of the Lake was 0.0233 and the nucleotide differences between populations was 0.0016. Haplotype frequency (X2) between populations was 23.75. Monte Carlo analysis with 1000 repeats was X2 =0.057±0.007. This indicates that there is no significant difference between haplotypes frequency of the samples. Therefore there is only one population of parthenogenetic artemia in the Inche Lake.