تعيين هويت ايزوله هاي باليني مايكوباكتريوم جدا شده از بيماران ايراني با استفاده از روش هاي فنوتيپيك و مولكولي

Identification of Clinical Isolates of Mycobacteria Recovered from Iranian Patients by Phenotypic and Molecular Methods

سابقه و هدف. از آنجايي كه گونه هاي مختلف مايكوباكتريوم داراي الگوي حساسيت دارويي متفاوتي مي باشند، شناسايي دقيق براي به كار گيري درمان صحيح ضروري است و نهايتاً مي تواند بر نتيجه درمان بيمار موثر باشد. در ميان روش هاي مولكولي گوناگون استفاده از بررسي پلي مورفيسم حاصل از هضم آنزيمي محصول (PCR (PRAبر اساس ژن hsp65 به علت آسان بودن، سريع و ارزان بودن براي شناسايي ايزوله هاي پاتوژن مايكوباكتريومي تا سطح گونه ارجهيت دارد. تلفيقي از روش هاي فنوتيپيك و PRA بر اساس قطعه 441 جفت بازي از ژن hsp65 براي شناسايي تنوع گونه هاي ايزوله هاي باليني مايكوباكتريومي مورد استفاده قرار گرفت. مواد و روش ها. سويه هاي مورد بررسي شامل 270 ايزوله هاي باليني مايكوباكتريومي مي شدند كه از 2358 بيمار در دو آزمايشگاه مرجع جمع آوري شده بودند. تعداد 207 ايزوله متعلق به مايكوباكتريوم توبركولوزيس به وسيله روشهاي فنوتيپيك رايج و PCR اختصاصي بر اساس شناسايي IS6110 تشخيص داده شدند. ايزوله هاي متعلق به مايكوباكتريوم هاي محيطي (NTM) با استفاده از تعدادي تست فنوتيپكي و PRA ژن hsp65 مورد شناسايي قرار گرفتند. يافته ها. از تعداد 270 سويه باليني تعداد 207 ايزوله با استفاده از روش هاي فنوتيپكي و PCR اختصاصي بر اساس IS6110، به عنوان مايكوباكتريوم توبركلوزيس شناخته شدند. سويه هاي NTM 63 (ايزوله) تنوعي از گونه هاي مختلف شامل 12 ايزوله M. simiae، 9 ايزوله M. fortuitum، 5 ايزوله M. gordonae، 5 ايزوله M. abscessus، 5 ايزوله M. kansasii و گونههاي كمياب شامل 3 ايزوله M. massilainase، 3 ايزوله M. thermoresitbile، 2 ايزوله M. senegalense type 2، 1 ايزوله M. conceptionense type 1 يا M. senegalense type 1، 1 ايزوله M. phlei، 1 ايزوله M. chelonae، 1 ايزوله M. nonchromogenicum، 1 ايزوله M. genavense،1 ايزوله M. montefiorense يا M. triplex،1 ايزوله M. branderi، 1 ايزوله M. novocastrense، 1 ايزوله M. nebraskense،1 ايزوله M. lentiflavumو 1 ايزوله M. avium شدند.

Aim and Background. As mycobacterial species have different drug susceptibilities, precise identification is crucial for adoption of correct drug therapy and can ultimately influence patient outcome. Among various molecular methods, PCR-restriction fragment length polymorphism (PRA) based on hsp65 gene is preferred since it offers an easy, rapid, and inexpensive means of identifying pathogenic mycobacterial isolates to species level. A combination of phenotypic tests and PCR-restriction fragment length polymorphism (PRA) method targeting 441 bp hsp65 DNA used to find species diversity of Iranian clinical strains of mycobacteria. Materials and Methods. The test strains consisted of 270 clinical isolates of mycobacteria recovered from 2358 patients in two reference laboratories. A total of 207 isolates belong to M. tuberculosis were initially identified using conventional phenotypic techniques and specific PCR, based on detection of IS 6110. The isolates belonging to non tuberculosis mycobacteria (NTM) were subjected to further definitive identification using batteries of phenotypic tests and hsp65-PRA. Results. Out of 270 clinical strains, 207 isolates were found to be M. tuberculosis by phenotypic techniques and specific PCR based on detection of IS 6110. NTM strains (63 isolates) represented a variety of the species comprised of 12 M. simiae, 9 M. fortuitum, 5 M. gordonae , 5 M. abscessus, 5 M. kansasii and some rare species including 3 M. massilainase, 3 M. thermoresitbile, 2 M. senegalense type 2, 1 M. conceptionense type 1 or M. senegalense type 1, 1 M. phlei, 1 M. chelonae, 1 M. nonchromogenicum, 1 M. genavense, 1 M. montefiorense or M. triplex, 1 M. branderi, 1 M. novocastrense, 1 M. nebraskense, 1 M. lentiflavum and 1 M. avium. Conclusion. This study showed that hsp65-PRA technique offers a simple, rapid, and accurate method for the identification of NTM clinical isolates.