توالي يابي و بررسي تنوع ژنتيكي اگزون 9 ژن گيرنده پرولاكتين در بز خلخالي و آناليز بيوانفورماتيك اين ژن در گونه هاي مختلف دامهاي اهلي

Sequencing and bioinformatics analysis of the exon 9 of Prolactin receptor gene in Khalkhali goat

ژن گيرنده پرولاكتين به دليل نقش حياتي در انتقال علائم هورمون لاكتوژن به پروموتر پروتئين شير از مهمترين ژن هاي كانديداي مؤثر در توليد شير شناخته شده است. تحقيق حاضر با هدف توالي‌يابي اگزون 9 ژن گيرنده پرولاكتين در بز خلخالي و آناليز بيوانفورماتيك اين ژن در حيوانات اهلي انجام شده است. جهت آناليزهاي بيوانفورماتيك و مقايسه گونه‌اي، از توالي‌هاي ژنومي گونه‌هاي مختلف حيوانات اهلي استفاده شد جهش مشاهده شده در جمعيت بزهاي خلخالي باعث تغيير نوكلئوتيد A به G در جايگاه اگزون 9 ژن گيرنده پرولاكتين گرديد كه منجر به تغيير كدون ATG به GTG (به ترتيب كدكننده اسيد‌آمينه متيونين و والين ) مي‌شود. . نتايج مربوط به مقايسه گونه هاي مزرعه‌اي 28 چند-شكلي را نشان داد كه منجر به ايجاد 10 هاپلوتيپ مختلف با تنوع هاپلوتيپي 0/84 در گونه‌هاي مورد مطالعه شد. تنوع نوكلئوتيدي و ميانگين تفاوت نوكلئوتيدي(k) در بين گونه‌ها نيز به ترتيب برابر 0/044 و 10/65 برآورد گرديد. آناليز تنوع ژنتيكي نشان داد گونه گوسفند بيشترين تنوع را نسبت به ديگر گونه هاي مورد بررسي دارد. همچنين، بررسي فاصله ژنتيكي بين گونه‌ها و آناليز شبكه‌اي نشان داد كه گونه گوسفند در مقايسه با گونه‌هاي ديگر به گونه بز نزديكتر است و بز خلخالي با كاپراهيركوس در يك شاخه قرار گرفت.

Due to a crucial role in transferring of Prolactin hormone signals to milk protein gene promoter, Prolactin receptor (PRLR) gene has been detected as the most important candidate gene. The present study investigated the genetic variation of exon 9 of PRLR gene and bioinformatics analysis of this gene in farm animals. For bioinformatics analysis, 37 samples of different farm animal species genomic sequences were obtained. A mutation was detected in exon 9 of Khalkhali goat PRLR gene that causes to the substitution of A to G nucleotide and, led to change ATG codon to GTG codon with the substitution of Metioning amino acid with Valin. The results of analyzing of Exon 9 led to identify 28 polymorphic sites in the PRLR gene that causes 10 haplotypes with 0.8408 haplotype diversity in studied species. Nucleotide diversity and average nucleotide differences among species were 0.04439 and 10.655 respectively. Analysis of genetic diversity showed that ovine species have the more diversity compared with other species. Also, analysis of species distance and network analyses showed that ovine is most closed species to Capra than other species, and Khalkhali goat belongs to the same phylum as Capra Hircus.