ساختار ژنتيكي روباه معمولي (Vulpes vulpes) در مركز ايران با استفاده از توالي ژن ناحيه كنترل ميتوكندري

Genetic Structure of Red Fox (Vulpes vulpes) based on D-Loop Region Sequence of the Mitochondrial Genome in Central region of IRAN

در اين مطالعه به منظور بررسي ساختار ژنتيكي روباه معمولي در مناطق مركزي ايران، 32 نمونه بافت از پنج استان (اصفهان، تهران، سمنان، كرمان و يزد) جمع آوري شد. پس از استخراج DNA، ژن ناحيه كنترل از ژنوم ميتوكندري توسط واكنش زنجيره اي پلي مراز تكثير و 327 جفت نوكلئوتيد از اين ژن براي هر نمونه توالي يابي شد. نتايج نشان داد كه 24 هاپلوتايپ متفاوت در بين نمونه ها وجود دارد و تنوع هاپلوتايپي برابر با 0.98 است. با توجه به نتايج تجزيه و تحليل واريانس مولكولي (AMOVA) نمونه ها، شباهت متوسطي بين جمعيت ها وجود دارد و بيش ترين واريانس نمونه ها مربوط به تغييرات درون جمعيتي است. بر اساس ميزان شاخص راجر-هارپندينگ و چند نمايي بودن نمودار آن گسترش گونه اتفاق نيفتاده است، اما بر اساس نتايج دو آماره تاجيما و FU مي توان نتيجه گرفت كه امكان گسترش گونه در گذشته وجود داشته، اما اين گسترش معني دار نبوده است. درخت تبارزايشي رسم شده بيانگر اين مساله است كه ساختار ژنتيكي مستقلي براي جمعيت هاي مورد مطالعه وجود ندارد و تفاوت درون جمعيتي بيش تر از تفاوت بين جمعيتي است و شبكه هاپلوتايپي رسم شده نيز اين نظر را تاييد مي كند. اگرچه با توالي يابي يك قسمت كوتاه از ژنوم يك گونه به تنهايي نمي توان برنامه حفاظتي براي يك گونه را مشخص نمود ولي بر اساس نتايج بدست آمده مي توان نتيجه گرفت كه جمعيت روباه در اين مناطق در حال حاضر با مشكل گردنه بطري روبرو نيست.

In this research in order to survey genetic structure of Red Fox in central region of Iran, 32 sample tissues were collected from five Provinces (Isfahan, Tehran, Semnan, Kerman and Yazd). After DNA extracting, D-Loop gene of mitochondrial genome was amplified using polymerase chain reaction (PCR) and 327 base pairs (bp) of this gene were sequenced for each sample. The results showed that there are 24 different haplotypes in the samples and haplotype diversity is equal to 0.98. Based on the results of the analysis of molecular variance (AMOVA), there is an average similarity between populations and the highest amount of sample variance is related to inter population changes. Species expansion has not been occurred due to Harpending’s Raggedness index and its multi exponential diagram. However based on the results of Tajima’s D and Fu’s Fs statistics, it could be concluded that species expansion had been possible in the past but it was not significant. Phylogenetic tree shows that there is no independent genetic structure for studied populations and in population differences are greater than among population differences. Haplotype network curve has also confirmed this issue. Although it is not possible to adopt a protection strategy by studying a short part of species genome, but due to the results of this research it might be concluded that there is a good gene flow among populations and currently there is no evidence of bottle neck problem among Fox populations of these regions.