تعيين تنوع ژنتيكي بر اساس ميكروستليت در جوجه رود آيلند قرمز

هدف اين مطالعه بررسي تنوع ژنتيكي بر اساس ميكروستليت در دو لاين (RIRs انتخابي و لاين RIRc كنترل) جوجه رود آيلند قرمز بود. DNA ژنومي 24 پرنده به طور تصادفي انتخاب و نگهداري شده در پژوهشكده مركزي تحقيقات طيور (هند) و 24 شاخص ميكروستليت استفاده گرديدند. الل‌هاي ميكروستليت بر روي urea PAGE 6% تعيين شده، ‌با استفاده از سيستم GelDoc ثبت شده و نمونه‌ها تعيين ژنوتيپ شدند. هتروزيگوسيتي نئي و محتواي اطلاعات پلي‌مورفيك Botstein در هر جايگاه ميكروستليت برآورد شد. شاخص‌هاي فيكاسيون رايت و جريان ژن با استفاده از نرم افزار POPGENE تعيين شدند. همه جايگاه‌هاي ميكروستليت پلي‌مورفيك بوده و PIC تعيين شده در RIRs در محدوده 3648/0 (MCW0059) تا 7819/0 (ADL0267) و در RIRc از 2392/0 (MCW0059) تا 8620/0 (ADL0136) بودند. از ميان 24 جايگاه،‌ 15 (5/62%) در RIRs و 14 جايگاه (33/53%) در RIRc شاخص متوسط تا بالاي FIS منفي را تأييد نمودند كه نشان دهنده هتروزيگوسيتي بيش از حد اين جايگاه‌ها در لاين‌هاي مربوطه بود، ‌اما بقيه جايگاه‌ها، مؤيد FIS مثبت بودند كه نشانگر كمبود هتروزيگوسيتي بود. FIS متوسط در هر دو لاين كاهش 77/10% هتروزيگوسيتي را نشان داد و FIS متوسط ضريب درون آميزي 19/17% مؤيد هموزيگوسيتي بالاي دو لاين را نشان داد. FST متوسط نشان داد كه 18/10% از تنوع ميكروستليت بين دو لاين ناشي از تفاوت ژنتيكي آن‌ها بود.

This study aimed to estimate microsatellite based genetic diversity in two lines (the selected RIRS and control line RIRC) of Rhode Island Red (RIR) chicken. Genomic DNA of 24 randomly selected birds maintained at Central Avian Research Institute (India) and 24 microsatellite markers were used. Microsatellite alleles were determined on 6% urea PAGE, recorded using GelDoc system and the sles were genotyped. Nei’s heterozygosity and Botstein’s polymorphic information content (PIC) at eachmicrosatellite locus were estimated. Wright’s fixation indices and gene flow were estimated using POPGENE software. All the microsatellite loci were polymorphic and the estimated PIC ranged from 0.3648 (MCW0059) to 0.7819 (ADL0267) in RIRS and from 0.2392 (MCW0059) to 0.8620 (ADL0136) in RIRC. Most of the loci were highly informative (PIC>0.50) in the both lines, except for five loci in RIRS and six loci in RIRC line. Nei’s heterozygosity per locus ranged from 0.4800 (MCW0059) to 0.8056 (ADL0267) in RIRS and from 0.2778 (MCW0059) to 0.875 (ADL0136) in RIRC. Out of 24 loci, 15 (62.5%) in RIRS and 14 loci (58.33%) in RIRC revealed moderate to high negative FIS index indicating heterozygote excess for these loci in corresponding lines, but the rest revealed positive FIS indicating heterozygosity deficiency. A mean FIS across the both lines indicated overall 10.77% heterozygosity deficit and a mean FIT indicated 17.19% inbreeding co efficient favoring homozygosity over the two lines. The mean FST indicated that 10.18% of the microsatellite variation between the two lines was due to their genetic difference.