طراحي ار.ان.اي سنجاق سري كوچك ShRNA جهت ايجاد مقاومت نسبت به ويروس موزائيك زرد كدو Zucchini yellow InnOS0lic virus

استفاده از Small hairpin RNA) ShiRNA) روشی قدرتمند برای خاموش كردن ژن های هدف می باشد. ShiRNA ها این توانایی را دارند كه برای خاموش كردن اختصاصی ژن های ویروس ll OW 191OSCHC Wirt{Sی Zl{CC011111 |y در گیاهان میزبان از جمله كدوال P PO) (Cit Citrbit مورد استفاده قرار گیرند و در نتیجه این گیاهان نسبت به ویروس مربوطه مقاومت پیدا كنند. چالشی كه در اینجا وجود دارد طراحی ShiRNA های است كه بتوانند بدون در نظر گرفتن تنوع ژنتیكی در ایزوله های مختلف ویروس مورد نظر باعث خاموش شدن ژنهای ویروس شوند و همچنین این ShRNA باید به گونه ای طراحی شوند كه ژن های گیاه را خاموش نكنند. در این مطالعه ShiRNA بر اساس مناطق بسیار حفظ شده ژن كد كننده پروتئین پوششی ویروس از جدایه های مختلف ویروس MVلاZl{CChirgi JéllOW 711OSCiiC Wirt{S (Z (كه آلوده كننده خیار می باشد، طراحی شد. برای طراحی ShiRNA با شرایط مذكور از نرم افزارهای طراحی كننده ShiRNA شامل TRC و IDT استفاده شد. در نهایت جستجوی متقابل در ژنوم گیاه كدو با استفاده از ابزار BLASTتایید كرد كه ShiRNA های طراحی شده هیچ مشابهتی در ژنوم گیاه ندارند. بدین منظور ShiRNAهای مورد نظر برای ژن كد كننده پروتئین پوششی اختصاصی عمل می كنند و می تواند كاندید مناسبی جهت ایجاد مقاومت بر پایه RNA باشد.

Use of shRNA is a powerful way to silence the target gene.ShRNA have this ability to turn off specific genes of ZYMV in host plants such as squash. As a result, the plants become resistant to the virus.The challenge here is to design a shRNA that regardless of genetic variation in different strains of the virus causing viral genes silencing.It ShRNA must be designed so that they do not turn off genes in plants.In this studyThe ShRNA based on highly conserved regions of the viral coat protein gene from different strains of the virus that is infecting cucumber was designed. For design ShRNA we use software TRC and IDT software. using BLAST search for find mutual shRNA with The pumpkin plant genome confirmed that there are any similarity in the plant genome ans designed shRNA. Therefore shRNA targeted to specific coat protein gene can act as a good candidate for the development of resistance based on RNA.