بررسي بيوانفورماتيكي ناحيه پايين دست ژن‌هاي رمزكننده H+-ATPase غشاي پلاسمايي در گياه صنوبر (Populus trichocarpa)

پمپ‌هاي H+-ATPase غشاي پلاسمايي در بسياري از فرآيندهاي فيزيولوژيك گياهان از جمله تنظيم اسمزي نقش دارند. بررسي نواحي پايين دست ژن‌هاي كدكننده پمپ‌هاي پروتوني ATPase از نظر ماتريس شباهت و رسم درخت فيلوژني در درخت صنوبر (Populus trichocarpa) با استفاده از پايگاه NCBI و نرم افزار MEGA 6.06 صورت گرفت. بررسي‌ها نشان دادند كه دو ناحيه كوچك حفاظت شده در اين توالي‌ها وجود دارد و در بين ايزوفرم‌هاي مختلف براي ناحيه پايين دست ژن رمز كننده پمپ پروتئيني غشاي پلاسمايي (H+- ATPase) بيشترين شباهت متعلق به دو ناحيه 3 -UTR4 و 3 -UTR5 با 95/82% و پس از آن‌ها دو ناحيه 3 -UTR3 و 3 -UTR2 با ميزان شباهت 03/78% بود. با رسم درخت فيلوژني به روش Neighbor – joining مشاهده شد نواحي 3 -UTR4 و 3 -UTR5 با ضريب اطمينان 99% هم گروه بوده و با ضريب اطمينان 93% با دو ناحيه 3 -UTR3 و 3 -UTR2 مرتبط هستند. نواحي 3 -UTR6 و 3 -UTR7 با ضريب اطمينان 100% در يك گروه و ناحيه 3 -UTR1 نيز جدا از آن‌ها قرار گرفتند. همچنين نتايج نشان دادند كه تغييرات تكاملي در ايزوفرم‌هاي موجود باعث تغييرات شديدي در تعداد و توالي نواحي تنظيمي شده است.