استفاده از روش In silico siRNA search براي طراحي siRNA جهت ايجاد مقاومت عمومي در خيار Cucumis sativus L نسبت به ويروس Cucumber vein yellowing

استفاده از siRNA ها روشي قدرتمند براي خاموش كردن ژن هاي هدف مي باشد.siRNA ها اين توانايي و پتانسيل را دارند كه براي خاموش كردن اختصاصي ژن هاي ويروس vein yellowing در گياهان ميزبان اين ويروس ازجمله خيار Cucumis sativus L. مورد استفاده قرار گيرند و در نتيجه اين گياهان نسبت به ويروس مربوطه مقاومت پيدا كنند. چالشي كه در اينجا وجود دارد طراحي siRNA هاي است كه بتوانند بدون در نظر گرفتن تنوع ژنتيكي در ايزوله هاي مختلف ويروس مورد نظر باعث خاموش شدن ژن هاي ويروس شوند و همچنين اين siRNA ها بايد به گونه ي طراحي شوند كه ژن هاي خودگياه را خاموش نكنند. در اين مطالعه siRNA ها براساس مناطق بسيار حفظ شده ژن كد كننده پروتئين كت ويروسي از جدايه هاي مختلف ويروس Cucumber vein yellowing virus (CVYV) كه آلوده كننده خيار مي باشد، طراحي شد. براي طراحي siRNA با شرايط مذكور از نرم افزار هاي طراحي كننده siRNA يعني Ambion و IDT استفاده شد. درنهايت جستوجوي متقابل درژنوم گياه خيار با استفاده از BLAST تاييد كرد كه siRNA هاي طراحي شده هيچ مشابهتي درژنوم گياه ندارند. بدين ترتيب siRNA ها مورد نظر براي ژن كدكننده پروتئين كت كه يك ژن بسيار ضروري براي ويروس CVYV مي باشد. طراحي شد كه اين امر مي تواند مقدمه ي براي مقاومت عمومي خيار نسبت به CVYV باشد.