پيش گويي ساختار دوم و سوم پروتئين كانديد واكسن f در سودوموناس آثروژينوزا

سودوموناس انروژينوزا يكي از مهم ترين عوامل عفونت هاي بيمارستاني محسوب مي شود . اين باكتري بيماريزاي فرصت طلب در افرادي كه سيستم ايمني تضعيف شده اي دارند شيوع بيشتري پيدا كرده است . پروتئين F يكي از مهمترين پروتئين هاي غشاي خارجي سودوموناس آنروژينوزا است كه به صورت حلقه ي پوريني مي باشد . پروتئين F كه د رتمام زيرگونه ها به طور عمومي وجود دارد مي تواند به عنوان كانديد مناسبي در ساخت واكسن مورد استفاده قرار گيرد . ساختار دوم و سوم پروئين براي آنتيباديها و سلولهاي B اهميت دارد و اكثر اپيتوپهاي سلول B در ساختار پيچهاي بتا (Beta turns) قرار دارند . در انتخاب بخشي از پروتئين كه داراي خاصيت اپيتوپي بوده و بتوان آن را به عنوان واكسن انتخاب نمود ، پيچ هاي بتا اهميت بالايي دارند . نرم افزار Phyre2 بريا پيش گويي ساختار دوم و سوم پروتئين و نرم افزار PROSA براي ارزيابي ساختار سه بعدي پيش گويي شده مورد استفاده قرار گرفت . Z score ساختار پيش گويي شده در محدوده ساختارهاي كريستالوگرفاي شده بانPDB ارزيابي گرديد .