مقايسه بيوانفورماتيكي پلي گالاكتورونازهاي قارچي و باكتريايي

پكتيناز هاي بيماريزاي قارجي و باكتريايي جهت نفوذ به سلول گياهي ترشح مي شوند . از ميان پكتينازها، پليگالاكتورونازها، نقش مهمي در تجزيه ديواره سلول گياهي دارند . پلي گالاكتوزونازها عضوي از خانواده ي گليكوزيدهيدرولازها (GH28) هستند و شامل اندوپلي گالاكتورونازها (E.C. 3.2.1.15) و اگزوپلي گالاكتورونازها (E.C. 3.2.1.67) مي باشند . مهار اختصاصي آنزيم پلي گالاكتوروناز منجر ره ايجاد اختلال در فرآيند بيماريزايي پاتوژن خواهد شد . بنابراين مطالعه جايگاه فعال و مكانيسم عمل پلي گالاكتوروناز هاي و نيز بررسي خصوصيات فيزيكي و شيميايي و ساختاري اين آنزيم ها جهت شناسايي و معرفي مهاركننده هاي اختصاصي آنها ضروري مي باشد . در اين راستا پلي گالاكتوروناز هاي از منابع مختلف قارچي و باكتريايي جهت تعيين نواحي حفاظت شده و مظالعه ي جايگاه فعال توسط برنامه ي ClustalW مورد بررسي قرار گرفتند ، در تمام پلي گالاكتورونازهاي منورد برسي، چهار متويف عملكردي حفاظت شده (NTD, G/QDD, G/SHG, RIK) تعريف گرديدند . همچنينموتيف هاي ساختاري شامل سيستئين و گلايسين به ترتيب در پلي گالاكتورونازهاي قارجي و باكتريايي حفاظت شده مي باشند . خصوصيات بيوشيميايي و روند تكامل ژنتيكي آنها مورد بررسي و مقايسه قرار گرفت . به طور كلي و مدر مقايسه با نواع باكترايي ، پليگالاكتورونازهاي قارجي آنزيم هايي پايدارتر، با تيمه عمر بالا و مقاوم در برابر حرارت مي باشند . درختچه ي فيلوژنتيك، توالي اسيد امينه اي پلي گالاكتورونازها را به لحاظ منبع و مكانيسم عمل متمايز نمود .