روش هاي موثر در بررسي تنوع ژنتيكي باكتري هاي بيماري زاي گياهي

تشخيص و رده بندي باكتري هاي پاتوژن گياهي و باكتري هاي همزيست گياهي از نظر كاربرد كشاورزي و مطالعه ي روابط بين اين دو اهميت دارد. فهم نوع تنوع در جمعيت پاتوژنهاي گياهي كليدي براي اصلاح موفقيت آميز واريته ها وافزايش مقاومت آنها به بيماري ها مي باشد. يك سري ترادف هاي نوكلئوتيدي با مشخصات كوتاه(معمولا كمتر از 200 جفت باز) ، كد نشونده و اينترسيسترونيك به طور گسترده در ژنوم پروكاريوت ها ظاهر مي شوند كه اولين ترادف شناخته شده در آغاز در باكتري Salmonella typhimurium و Escherichia coli بررسي شد. سه خانواده از اين ترادف هاي تكراري شامل: ترادف REP يا PU شامل 35 تا 40 جفت باز، ترادف ERIC ياIRU شامل 124 تا 127 جفت باز، و ترادف BOX شامل 154 جفت باز مطالعه شده است. بر اساس اين ترادف ها روشي طراحي شده است كه ژنوم مابين اين دو ترادف را تكثير مي كند يعني يك سري آغازگر ها مطابق با اين ترادف هاي تكراري سنتز مي شود و سپس با استفاده ازPCR اين قسمت تكثير شده و مي توان تفاوت را بين جدايه هاي مختلف بر اساس اين اطلاعات تعيين كرد. نام اين روش ERIC-PCR, REP-PCRو BOX –PCR خوانده مي شود كه در مجموع به آنrep-PCR گفته مي شود. انگشت نگاري بدست آمده توسط اين روش داراي تعدادي كاربرد در مطالعات اپيدميولوژيكي خصوصا چگونگي كنترل اين ميكروارگانيسم ها در بخش پزشكي، كشاورزي وصنعت مي باشد.