عنوان مقاله :
طراحي و راه اندازي روش TaqMan Real-time PCR جهت تشخيص و تعيين كمي ويروس نقص ايمني اكتسابي نوع1 (HIV-1)
عنوان به زبان ديگر :
Design and development of TaqMan Real-time PCR assay for detection and viral load determination of HIV-1
پديد آورندگان :
نوربازرگان، حسن دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي , ناجي، عليرضا مركز تحقيقات سل و ببيماريهاي ريوي يمارستان مسيح دانشوري , ميراب سميعي، سيامك آزمايشگاه غذا و دارو مرجع سلامت وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشكي , پريان، مهدي مركز توليدي و تحقيقاتي انستيتو پاستور , محمدي يگانه، سميرا دانشگاه علوم پزشكي شهيد بهشتي
كليدواژه :
بار ويروس , ژن INT , TaqMan Real-time PCR , ويروس نقص ايمني انساني نوع 1
چكيده فارسي :
سابقه وهدف: ويروس نقص ايمني انساني نوع 1 ( HIV-1 ) يكي از مهمترين عوامل عفوني منتقل شده از طريق خون است كه يك معضل جهاني محسوب
مي شود، بنابراين تشخيص صحيح، دقيق و حساس اين ويروس از اهميت بسياري برخوردار است. هدف از اين مطالعه، طراحي يك روش حساس بر پايه
Real-time PCR TaqMan براي تشخيص HIV-1 مي باشد.
مواد و رو شها: آغازگرها و پروب توسط نرم افزارهاي بيوانفورماتيكي براي يك ناحيه 199 جفت بازي براي ژن INT HIV-1 طراحي شد. استانداردهاي مورد
استفاده براي تعيين حساسيت آناليتيكي با استفاده از RNA هاي حاصل از رونويسي در آزمايشگاه تهيه شد. همچنين براي بررسي اختصاصي آناليتيكي از پايگاه Blast
و اختصاصيت كلينيكي با استفاده از پانل هاي ويروسي مختلف و نمونه ژنوم حاصل از افراد سالم استفاده شد.
يافته ها: اين روش قادر به اندازه گيري حداقل 10 كپي از HIV-1 RNA در هر ميلي ليتر است. علاوه بر اين، آزمايش در محدوده 10 - 109 كپي در ميلي ليتر خطي
است. با بررسي نمونه هاي منفي، ويژگي اين روش 100 درصد مي باشد. نتايج تكرارپذيري واكنش در سطح درون سنجي و بين سنجي بررسي شد براي اين منظور
9 تكرار از هر غلظت از نمونه كنترل در هر واكنش كاري مورد بررسي قرار گرفت.
نتيج هگيري: با توجه به سطح حساسيت و ويژگي مناسب، آناليز سريع، كاربرد آسان و هزينه نسبتاً كم در مقابل كيت هاي مشابه، اين روش م يتواند براي
تشخيص موثر ويروس HIV-1 مناسب باشد. همچنين مي توان آلودگي به ويروس را قبل از تغييرات سرمي و ظهور آنتي بادي ها در خون تشخيص داد و دوره پنجره
عفونت را كوتا هتر كرد.
چكيده لاتين :
Background: Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV-1) is one of the most important blood-borne
infectious viruses that are considered a global problem, thus it is important to diagnose it with high accuracy
and sensitivity. Serologic methods do not adequately detect this infection. Therefore, the purpose of the
present study was to design a sensitive method based on TaqMan Real-time PCR method for diagnosis of
HIV-1.
Materials and Methods: Primers and probes were designed using bioinformatics softwares for a region of
200 pairs of HIV-1 INT gene. The sequence was cloned into T/A cloning vector and in-vitro RNA transcription
was performed to prepare standards for analytical sensitivity assay. To determine the analytical specificity,
NCBI BLAST and different viral and bacterial samples were used. Clinical specificity was determined using
negative plasma samples.
Results: The method introduced was able to detect as low as 10 copies of HIV-1 RNA/ml. Furthermore, it
was linear in the range of 10-109 copies/ml. By examining the negative samples, the specificity of this method
was determined to be 100%. Intra- and Inter-assay results ranged from 0.3% to 2.5% and 0.7% to 4.5%,
respectively, that showed high reproducibility of the assay.
Conclusion: Due to proper sensitivity and specificity, rapid analysis, being user-friendly, and relatively
low cost, as compared with commercial kits, the method introduced in the present study can be suitable to
accurately diagnose HIV-1 virus. Applying this in-house Real-time PCR assay, viral infection can also be
detected before seroconversion and appearance of bloodstream antibodies, which can reduce window period
of this infection.
عنوان نشريه :
پژوهش در پزشكي
عنوان نشريه :
پژوهش در پزشكي