دسته‌بندي ژنتيكي ايزوله‌هاي اشريشياكلي جدا شده از عفونت‌هاي دستگاه ادراري در استان چهارمحال و بختياري

Genotyping of Escherichia coli strains isolated from urinary tract infections in Chaharmahal and Bakhtiari province

مقدمه اشريشياكليهاي يوروپاتوژنيك (UPEC) يكي از شايعترين عوامل ميكروبي ايجادكننده عفونتهاي دستگاه ادراري ميباشند كه سروتيپهاي مختلفي از اين گروه سرمي كه داراي تنوع ژنتيكي هستند در ايجاد اين عفونتها دخالت دارند. مطالعه حاضر با هدف دسته بندي ژنتيكي ايزولههاي يوروپاتوژن اشريشياكلي جدا شده از عفونتهاي دستگاه ادراري در استان چهارمحال و بختياري انجام شد. روش كار تعداد 67 ايزوله UPEC كه از بيماران بستري در بيمارستانهاي سطح استان چهارمحال و بختياري جدا شده بودند، انتخاب و به روش ERIC-PCR آزمايش شدند. نتايج ايزولههاي مورد مطالعه داراي الگوي باندي از محدوده 110 تا 3100 جفت باز بودند كه در آناليز الگوي باندينگ حاصله با ضريب تشابه تطابق ساده در سطح تشابه 91 درصد در 15 زيرگروه قرار گرفتند. بجز قرابت 100 درصدي كه در 4 مورد ديده شد، ساير ايزوله ها داراي قرابت ژنتيكي بين 44/4 تا 48/1% بودند. قرار گرفتن ايزولههاي مورد مطالعه در چند زير گروه نشان گر قدرت تمايزدهي قابل قبول تكنيك ERIC-PCR در ژنوتايپينگ اشريشياكلي و وجود منابع مختلف آلودگي دستگاه ادراري با اين پاتوژن ميباشد. نتيجه ­گيري روش ERIC-PCR، روشي ساده، سريع و كم‌هزينه جهت توصيف تنوع ژنتيكي سويه‌هاي مختلف اشريشياكلي ازجمله سويه‌هايUPEC مي‌باشد.

Background & objectives: Uropathogenic Escherichia coli (UPEC) is one of the most prevalent microbial factor resulting in urinary system infections. Many of its serotypes with genetic variety contribute to these infections. The present study was done aiming at genetic classification of UPEC strains isolated from urinary system infections in Chahrmahal & Bakhtiari province, Iran. Materials & Methods: A total of 67 isolates of UPEC from patients hospitalized in hospitals of Chahrmahal & Bakhtiari were chosen and tested in ERIC-PCR. Results: The studied isolates had band pattern varying from 110-3100 bp which were classified to 15 subgroups in the resulting banding pattern with simple matching similarity coefficient in 91% similarity level. Except 100 proximity found in four cases, other isolates had 44.4-48.1% genetic proximity. Placement of the studied isolates in several subgroups showed the acceptable discrimination power of ERIC-PCR technique in genotyping/ E.coli and presence of various sources of contamination of urinary system with this pathogen. Conclusion: ERIC-PCR is a simple, fast and low cost method for describing the genetic variety of different strains of E.coli including UPEC strains.