بررسي انتقال افقي ژن‌هاي مربوط به پروتئين‌هاي تيپ III سيستم ترشحي T3SS در چندين گونه باكتري سودوموناس با استفاده از نرم‌افزار SeqWord

Horizontal transfer analysis of type III secretion system (T3SS) genes in several types of Pseudomonas bacteria using Seqword software

همه باكتري‌ها داراي سيستم ترشحي براي انتقال ماكرومولكول‌هاي خود به بيرون هستند. در حال حاضر هفت سيستم ترشحي شناسايي شده است. بررسي انتقال افقي اين ژن‌ها و رديابي آنها، مي‌تواند نقس بسيار مهمي در فهم ما در مورد نقش وكاربرد اين ژن‌ها در باكتري و موجوات ديگر مانند ميزبان آنها را داشته باشد. در مطالعه حاضر با استفاده از ابزارهاي بيوانفورماتيكي مانند SeqWord_Viewer در پايگاهاي اطلاعاتي مانند عناصر ژنتيكي متحرك (MGEs)، ACLAME، PAthogenicity Islands DataBase (PAIDB) به بررسي ژن‌هاي تيپ III (T3SS) در بعضي از گونه‌اي باكتري سودوموناس پرداخته شد. نتايج نشان داد انتقال افقي بين ژن‌هاي تيپ III بين 30 تا 100% است. همچنين باكتري گونه سودوموناس فلورسنس با 15 ژن انتقال‌يافته بيشترين گونه را دارد. بررسي‌هاي بيوانفورماتيكي نشان داد كه گونه P. fluorescens F113 با 11 ژن بيشترين قابليت انتقال ژن‌هاي تيپ 3 سيستم ترشحي را دارد. همچنين نتايج نشان مي‌دهد كه انتقال افقي در بين ژن‌هاي تيپ سه در بعضي از گونه‌ها همچون P. fluorescens Pf-5، P. syringae pv. Glycinea، P. syringae pv.aptata، P. syringae pv.Japonica، P. syringae pv. Pisi و P. aeruginosa UCBPP-PA14 و انتقال 100% در تيپ III سيستم ترشحي مشاهده شد. مي‌توان از بررسي‌ها استنتاج كرد كه باكتري‌هاي با احتمال بالا در بيماري‌زايي، بيشترين انتقال افقي را دارند كه نشان‌دهنده انتقال سيستماتيك انتقال بيماري بين ميزبان و عامل بيماري‌زايي طي تكامل است.

All bacteria have many different secretion systems to transfer of their macromolecules to out. Currently, seven secretion systems have been identified. Transfer, tracing, and horizontal transmission of this gene groups, are many important in our understanding about these gene's application in bacteria and other substances. In this study, we examined Type III secretion system (T3SS) genes in Pseudomonas with using the bioinformatics software such as SeqWord Genome Browser in some databases for instants, ACLAME, Mobil Elements Genetic (MGEs), and PAthogenicity Islands Data Base (PAIDB). The results indicated that the T3SS genes transfers are observed with the percentage between 30% and 100%. Our findings also show the P. fluorescens bacterium has the most species with 15 transmitted genes. Bioinformatics predictors showed P. fluorescens F113 subtype with 11 genes had the highest transferability of T3SS cluster genes. The bacteria species such P. Fluorescens Pf-5, P. syringae pv. Glycinea, P. syringae pv. Aptata, P. syringae pv. Japonica, P. syringae pv. Pisi, P. aeruginosa UCBPP-PA14 show up about 100% of horizontal transfer from T3SS. Our results also indicated that T3SS, which are important in the bacteria disease, have the highest transmission rates. This study indicates can be showing the systematic transmission of disease from host and pathogen during the evolution.