سرهم‌بندي ترنسكريپتوم و شناسايي نشانگرهاي EST SSR در زعفران

گياهCrocus sativus ، گياهي تريپلوييد است كه به روش رويشي با استفاده از بنه تكثير مي شود. به دليل توليد مثل غيرجنسي، تفرق صفات و تنوع ژنتيكي در اين گياه با محدوديت مواجه است. نشانگرهاي ESTSRR مزايايي از جمله هم غالبيت، اختصياصيت براي لوكوس خاص و پلي مورفيسم بالا نسبت به نشانگرهاي ديگر دارند. با توجه به دردسترس بودن داده هاي ترنسكريپتوم، امكان شناسايي نشانگرهاي ESTSSR براي مطالعات پلي مورفيسم در گياه زعفران وجود دارد. جهت توسعه نشانگرهاي ESTSSR، داده هاي RNASeq گياه زعفران از NCBI دريافت شدند. سپس كنترل كيفيت و پيرايش داده ها به ترتيب توسط ابزارهاي FastQC و Trimmomatic انجام گرفت. با استفاده از اين داده ها و ابزار RNABloom، سرهم بندي ترنسكريپتوم انجام گرفت. ابزار CDHITEST براي حذف ترنسكريپت هاي مشابه و تكراري استفاده شد. كيفيت ترنسكريپتوم با استفاده از BUSCO مورد ارزيابي قرار گرفت و درصد ترنسكريپت هاي كامل، حدود 90 درصد به دست آمد. پس از دستيابي به ترنسكريپتوم با كيفيت در زعفران، از نرم افزار MISA براي شناسايي ESTSSR ها در ترنسكريپتوم استفاده شد. طراحي آغازگر با استفاده از نرم افزار Primer3 براي توالي هاي ESTSSR، انجام شد. تعداد 35459 توالي SSR شناسايي شدند و آغازگر براي آن ها طراحي گرديد. از تعداد 10 جفت آغازگر كه براي تكثير PCR روي DNA زعفران انتخاب شدند، 7 جفت آغازگر در اندازه پيش بيني شده تكثير شدند كه نشان از كارايي 70 درصدي نشانگر دارد. نشانگرهاي EST-SSR شناسايي شده در اين پژوهش در مطالعات ژنتيكي زعفران مي توانند مورد استفاده قرار گيرند.